% In the name of God, the most gracious, the most merciful
\documentclass[11pt,a4paper]{article}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{B Nazanin}
\setlatintextfont[Scale=0.846]{Times New Roman} % 0.846 = 11 / 13
\begin{document}
\fontsize{13}{19.5}\selectfont % 19.5 = 1.5 (line spacing) * 13 (font size)
با مقیاس کردن فونت فارسی:
\section{اندازه فونت \lr{section} تأثیر نمی‌پذیرد.}
\subsection{اندازه فونت \lr{subsection} تأثیر نمی‌پذیرد.}
اندازه فونت متن معمولی تأثیر می‌پذیرد.%
\footnote{اندازه فونت پانویس تأثیر نمی‌پذیرد.}

\Large{اندازه فونت محیط‌های مثل \lr{Large} تحت تأثیر قرار نمی‌گیرد.}
\end{document}