\documentclass{report}

\usepackage{xepersian}
\settextfont{XB Niloofar}

\begin{document}

\bibliographystyle{acm-fa}
\bibliography{MyReferences1}

\chapter{عنوان فصل}
یک مرجع%
\cite{Vahedi87}

\chapter{عنوان فصل}
یک مرجع%
\cite{Amintoosi09regional}


\bibliographystyle{plain-fa}
\bibliography{MyReferences2}
\end{document}