\documentclass{book}
\usepackage{amsthm,amssymb,amsmath}
\usepackage{graphicx,caption,subcaption}
\usepackage[localise]{xepersian}
\settextfont{XB Zar}
\setdigitfont{Persian Modern}

\begin{document}

که منجر به معادله زیر خواهد شد:

\begin{equation} \nocite{Nik}
\omega _t=2p_{(t)}=2\dfrac{dq_{(t)}}{dt}q^{-1}_{(t)}
\end{equation}

\bibliographystyle{plain-fa}
\bibliography{Reference}

\end{document}