\documentclass{thesis}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{cases}
\usepackage{listings}
\usepackage{maplestd2e}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\setdigitfont{Yas}
\begin{document}
\begin{align}
x = y  \label{eq1}
\end{align}
\section{man} \label{sec::1}
~\eqref{eq1} \\
~\ref{sec::1}
\end{document}
