\documentclass[a4paper,11pt]{book}
\usepackage{zref-perpage}
\zmakeperpage{footnote}
\usepackage{makeidx}
\makeindex
\usepackage[]{xcolor}
\usepackage[]{hyperref}
\renewcommand{\baselinestretch}{0.8}
\usepackage[extrafootnotefeatures]{xepersian}
\settextfont[Scale=1.1]{B Badr}%{B Lotus}%{Yas}
\makeatletter
\long\def\@makefntext#1{\parindent 1em
  \noindent\hbox to 2em{}%
 \llap{\@thefnmark.\,\,}#1}
\makeatother
\AtBeginDocument{
\renewcommand\footnoterule{%
  \kern -3pt
  \hbox to \textwidth{\hfill\vrule height 0.4pt width .4\textwidth}
  \kern 2.6pt
}}
\begin{document}
\threeclumnfootnote
متن\footnote{سه ستونه} متن\footnote{سه ستونه} متن\footnote{سه ستونه} متن\footnote{سه ستونه} متن\footnote{سه ستونه} متن\footnote{سه ستونه}
\newpage
متن\footnote{دو ستونه} متن\footnote{دو ستونه} متن\footnote{دو ستونه} متن\footnote{دو ستونه} متن\footnote{دو ستونه}
\newpage
متن\footnote{یک ستونه}
\end{document}