\documentclass[12pt,a4paper,fleqn]{article}
\usepackage{amsthm,amssymb,amsmath}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1.1]{XB Niloofar}
\numberwithin{equation}{section}
\begin{document}
این یک متن  است فاصله از فرمول مذکور باید قدری بیشتر باشد (برای این منظور از چه دستوری استفاده کنم)
\begin{equation}\label{eq1}
\left\{\begin{aligned}
& \dot{x}=y\hspace{0.20cm},   \\
& \dot{y}=z\hspace{0.20cm},  \\
& \dot{z}=- ax - by \hspace{0.20cm}. 
\end{aligned}
 \right.
\end{equation}
این یک متن  است فاصله از فرمول مذکور باید قدری بیشتر باشد (برای این منظور از چه دستوری استفاده کنم)



\end{document}