\documentclass[oneside]{report}
\usepackage{amssymb,amsmath,mathrsfs}
\usepackage{amsthm}
\usepackage{calc}
\pagestyle{plain}
\newcommand\persiangloss[2]{#1\dotfill\lr{#2}\\}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1.1]{XB Niloofar}
%\setlatintextfont{Arial}
\SepMark{-}
\makeatletter
\def\@thm#1#2#3{%
  \ifhmode\unskip\unskip\par\fi
  \normalfont
  \trivlist
  \let\thmheadnl\relax
  \let\thm@swap\@gobble
  \thm@notefont{\fontseries\mddefault\upshape}%
  \thm@headpunct{}
  \thm@headsep 5\p@ plus\p@ minus\p@\relax
  \thm@space@setup
  #1% style overrides
  \@topsep \thm@preskip              
  \@topsepadd \thm@postskip      
  \def\@tempa{#2}\ifx\@empty\@tempa
    \def\@tempa{\@oparg{\@begintheorem{#3}{}}[]}%
  \else
    \refstepcounter{#2}%
    \def\@tempa{\@oparg{\@begintheorem{#3}{\csname the#2\endcsname}}[]}%
  \fi
  \@tempa
}
\makeatother
\begin{document}

\chapter{ارجاع دهی}
فرمول :
\begin{equation}
\label{eq:3.4.r.org}
\Vert x_n - x^{*} \Vert
\end{equation}
\begin{equation}
\label{eq:3.5.r.org}
\Vert x_n - x^{*} \Vert
\end{equation}
فرمول مدنظر :
\begin{equation}
\label{eq:3.6.r.org}
\Vert x_n - x^{*} \Vert
\end{equation}
به وسیله فرمول بالا یعنی شماره $(\ref{eq:3.6.r.org})$ ارجاع دهی بر عکس نوشته می شود.
\end{document}