\documentclass {book}
\RequirePackage{amsmath}

%\usepackage{XePersian}
%\settextfont{IRNazli}
\begin{document}
در محیط ریاضی، ویرگول و نقطه پایین‌تر از خط کسری قرار می‌گیرد:
		\begin{equation}
		\Delta R=\frac{{{r}_{0}}-2{{r}_{45}}+{{r}_{90}}}{4}.
	\end{equation}
	\begin{equation}
		\Delta R=\frac{{{r}_{0}}-2{{r}_{45}}+{{r}_{90}}}{4},
	\end{equation}
	با دستور vcenter این مشکل برای نقطه برطرف می‌شود. ولی برای ویرگول به صورت زیر است:
	\begin{equation}
		\Delta R=\frac{{{r}_{0}}-2{{r}_{45}}+{{r}_{90}}}{4} \vcenter{\hbox{.}}
	\end{equation}
	\begin{equation}
		\Delta R=\frac{{{r}_{0}}-2{{r}_{45}}+{{r}_{90}}}{4} \vcenter{\hbox{,}}
	\end{equation}
\end{document}