سلام
به جمع پارسی‌لاتک خوش آمدید.
زمانی که از گزینه‌ی pagebackref=true در بسته‌ی hyperref استفاده می‌کنید بعد از وارد کردن هر مرجع باید یک سطر خالی قرار بدید:
نمونه:
\bibitem{1}
L. Mandel and E.Wolf, Optical Coherence and Quantum Optics(Cambridge University Press, Cambridge, UK, 1995).
\bibitem{2}
D. E. Chang, A. S. Sorensen, P. R. Hemmer, and M. D. Lukin, "Quantum optics with surface plasmons,"
Physical Review Letters \textbf{97}, 053002 (2006).
پس دستورات شما به صورت زیر است:
\documentclass[12pt,fleqn]{report}
\RequirePackage[linktocpage=true,colorlinks,pagebackref=true,linkcolor=blue,citecolor=magenta]{hyperref}
\usepackage{stmaryrd}
\usepackage{amssymb,amsmath,amsthm,bm}
\usepackage{indentfirst}
\usepackage[top=30mm, bottom=30mm, left=25mm, right=35mm]{geometry}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{shapes,arrows}
\usepackage{fancyhdr}
\makeindex
% لینک‌ها به رنگ سیاه ظاهر خواهند شد که برای پرینت گرفتن، مناسب‌تر است
%\usepackage[pagebackref=false]{hyperref}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\usepackage[extrafootnotefeatures]{xepersian}
\settextfont[Scale=1.25]{B Zar}
%\setiranicfont[Scale=1]{PersianModern-Oblique}
\setiranicfont[Scale=1.25]{B Zar}
% چنانچه می‌خواهید اعداد در فرمول‌ها، انگلیسی باشد، خط زیر را غیرفعال کنید
%\setdigitfont{Yas}
%\setdigitfont[Scale=.85]{Persian Modern}
%\setdigitfont[Scale=1.1]{XB Zar}
%\KashidaOn
%تنظیم فاصله‌ی خطوط و پاراگراف‌ها
\linespread{1.4}
\setlength{\parskip}{1ex plus 0.5ex minus 0.2ex}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% تعریف قلم‌های فارسی و انگلیسی اضافی برای استفاده در بعضی از قسمت‌های متن
\defpersianfont\nastaliq[Scale=2.02]{IranNastaliq}
\defpersianfont\chapternumber[Scale=3.02]{B Zar}
\defpersianfont\titr[Scale=1.02]{B Titr}
\defpersianfont\dav[Scale=2]{B Davat}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%تعریف اعداد لاتین برای زمانی که از اعداد فارسی در متن استفاده می‌کنیم
\def\0{\textrm{\lr{0}}}
\def\1{\textrm{\lr{1}}}
\def\2{\textrm{\lr{2}}}
\def\3{\textrm{\lr{3}}}
\def\4{\textrm{\lr{4}}}
\def\5{\textrm{\lr{5}}}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% براساس نسخه‌های از ۱.۲.۵ به بعد بسته‌ی bidi در توابع زیر باید توجه داشت:
% که l یعنی شروع نوشتار از ابتدای خط یا جعبه،
% و r یعنی شروع نوشتار از انتهای خط یا جعبه،
% و s یعنی شروع نوشتار از وسط خط یا جعبه.
\newdimen\xleftright
\xleftright=\textwidth
\advance \xleftright by -10.5cm
\newcommand{\leftright}[3]{%
\noindent
\makebox[4 cm][r]{#1}
\makebox[\xleftright][s]{}
\makebox[5.5 cm][l]{#2}
\makebox[1 cm][l]{#3}%
}
\newcommand{\leftrightb}[2]{%
\noindent
\makebox[4 cm][r]{#1}
\makebox[\xleftright][s]{}
\makebox[6.5 cm][l]{#2}%
}
\newcommand{\semanticsa}[2]{%
\noindent
\makebox[4.3 cm][r]{#1}
\makebox[\xleftright][c]{اگر و فقط اگر}
\makebox[6.2 cm][l]{#2}%
}
\newcommand{\semanticsb}[2]{%
\noindent
\makebox[3.5 cm][l]{#1}
\makebox[\xleftright][c]{اگر و فقط اگر}
\makebox[7 cm][r]{#2}%
}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% دستورهایی برای سفارشی کردن سربرگ صفحات
\csname@twosidetrue\endcsname
\pagestyle{fancy}
\fancyhf{}
\fancyhead[RE,LO]{\thepage}
\fancyhead[LE]{\small\iranicfamily\leftmark}
\fancyhead[RO]{\small\iranicfamily\rightmark}
\renewcommand{\chaptermark}[1]{%
\markboth{\thechapter.\ #1}{}}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\begin{document}
\pagenumbering{harfi}
\tableofcontents
\addcontentsline{toc}{chapter}{پیشگفتار}
\chapter*{پیشگفتار}
\markboth{پیشگفتار}{}
\chapter{فصل اول}
\pagenumbering{arabic}
\section{یک چیزی}
رذبلاتببتب \cite{1}
\chapter{فصل دوم}
لبیایبایبابلا \cite{2}
\chapter{فصل سوم}
لابلایببایبابلا \cite{3}
\appendix
\chapter[پیوست 1]{}
\chapter[پیوست 2]{}
\begin{thebibliography}{99}
\addcontentsline{toc}{chapter}{کتاب‌‌‌‌نامه}
\begin{latin}
%%%%%%%%%%%%%
\bibitem{1}
L. Mandel and E.Wolf, Optical Coherence and Quantum Optics(Cambridge University Press, Cambridge, UK, 1995).
\bibitem{2}
D. E. Chang, A. S. Sorensen, P. R. Hemmer, and M. D. Lukin, "Quantum optics with surface plasmons,"
Physical Review Letters \textbf{97}, 053002 (2006).
\bibitem{3}
M.S. Tame, K.R. McEnery, S.K. $\ddot{O}$zdemir, J. Lee, S.A.
er, and M.S. Kim, "Quantum plasmonics.", Nature Physics \textbf{9}, 329 (2013).
\bibitem{4}
L. Novotny and B. Hecht, \textit{Principles of Nano-optics} (Cambridge University Press, Cambridge, 2012).
\bibitem{5}
L. Mandel and E.Wolf, Optical Coherence and Quantum Optics
(Cambridge University Press, Cambridge, UK, 1995).
\bibitem{6}
L. Mandel and E.Wolf, Optical Coherence and Quantum Optics
(Cambridge University Press, Cambridge, UK, 1995).
\bibitem{7}
L. Mandel and E.Wolf, Optical Coherence and Quantum Optics
(Cambridge University Press, Cambridge, UK, 1995).
\bibitem{8}
L. Mandel and E.Wolf, Optical Coherence and Quantum Optics
(Cambridge University Press, Cambridge, UK, 1995).
\bibitem{9}
L. Mandel and E.Wolf, Optical Coherence and Quantum Optics
(Cambridge University Press, Cambridge, UK, 1995).
\bibitem{10}
L. Mandel and E.Wolf, Optical Coherence and Quantum Optics
(Cambridge University Press, Cambridge, UK, 1995).
\end{latin}
\end{thebibliography}
\end{document}
و اینم خروجی‌های فهرست و مراجع شما با تکلایو 2018:
![enter image description here][2]
![enter image description here][3]
موفق باشید.
