متأسفانه این کلاس خیلی مشکل داره. با مولف کلاس تماس بگیرید و ازش بخواهید مشکلات کلاسش زو درست کنه. به عنوان مثال
\newcommand{\شف}{\begin{enumerate}}
\newcommand{\خف}{\end{enumerate}}
\newcommand{\مورد}{\item}
\renewcommand{\بخش}{\section}
\newcommand{\زیربخش}{\subsection}
\newcommand{\زیرزیربخش}{\subsubsection}
یا
\newcommand{\پ}{پروژه/پایان‌نامه/رساله }
و ... کاملاً اشتباه است. این کلاس مشکلات زیادی دیگری هم داره که متأسفانه در حال حاضر وقتش رو ندارم.
در مورد مشکل شما احتمالاً اگر خط ۸۸ در فایل KNTU_thesis.cls را که این هست:
\RequirePackage[quickindex]{xepersian}
به این تغییر بدهید، مشکلتون حل خواهد شد:
\RequirePackage[quickindex,localise=on]{xepersian}
