شکستن ماتریس کار درستی نیست. به جای این کار من پیشنهاد میدهم که از محیط bsmallmatrix در بسته mathtools استفاده کنید.
\documentclass{book}
\usepackage{amsmath,mathtools}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1]{Yas}
\setdigitfont[Scale=1]{Yas}
\begin{document}
\begin{align*}
\boldsymbol{X} &=
\begin{bsmallmatrix}
(\boldsymbol{X}_1^\prime \boldsymbol{X}_1)^{-1}+(\boldsymbol{X}_1^\prime \boldsymbol{X}_1)^{-1}
\boldsymbol{X}_1^\prime \boldsymbol{X}_2 \boldsymbol{G} \boldsymbol{X}_2^\prime \boldsymbol{X}_1
(\boldsymbol{X}_1^\prime \boldsymbol{X}_1)^{-1} & -(\boldsymbol{X}_1^\prime \boldsymbol{X}_1)^{-1}\boldsymbol{X}_1^\prime \boldsymbol{X}_2 \boldsymbol{G} \\
-\boldsymbol{G} \boldsymbol{X}_2^\prime \boldsymbol{X}_1
(\boldsymbol{X}_1^\prime \boldsymbol{X}_1)^{-1} & \boldsymbol{G}
\end{bsmallmatrix}\\
&=\boldsymbol{X} \boldsymbol{X}_2
\end{align*}
\end{document}