این مشکل قلمه. فایل شما بدون زیپرشین هم این مشکل رو داره:
\documentclass{article}
\usepackage{fontspec}
\setmainfont[ExternalLocation]{IRNazanin}
\begin{document}
\section{شبکه}
این یک مثال است.
\end{document}
بنابراین مشکل از زیپرشین نیست. دستور \section بصورت پیشفرض در کلاس article بصورت زیر تعریف شده:
\newcommand\section{\@startsection {section}{1}{\z@}%
{-3.5ex \@plus -1ex \@minus -.2ex}%
{2.3ex \@plus.2ex}%
{\normalfont\Large\bfseries}}
مشکل با قسمت 2.3ex \@plus.2ex وجود داره. خود اعداد مشکل نیستند بله واحد مشکل هست حتی اگر اندازه رو به 500ex عوض کنی مشکل وجود داره. اما اگر واحد ex رو به واحد pt تغییر بدی مشکل حل میشه.
واحد ex در کتاب The TeXBook نوشته Knuth بصورت زیر تعریف شده:
ex is the ``x-height'' of the current font
پس واحد ex بستگی به قلم داره. با قلم پیشفرض تک یعنی همون Computer Modern تبدیل واحد بصورت 1ex=4.30554pt هستش:
\documentclass{article}
\makeatletter
\newcommand*{\convertextopt}[1]{\the\dimexpr #1*65536/\number\dimexpr 1pt}
\makeatother
\begin{document}
\convertextopt{1ex}
\end{document}
اما اگر از قلم IRNazanin استفاده کنی تبدیل واحد بصورت 1ex=-0.00487pt خواهد بود:
\documentclass{article}
\usepackage{fontspec}
\setmainfont[ExternalLocation]{IRNazanin}
\makeatletter
\newcommand*{\convertextopt}[1]{\the\dimexpr #1*65536/\number\dimexpr 1pt}
\makeatother
\begin{document}
\convertextopt{1ex}
\end{document}
بنابراین x-height در قلم IRNazanin منفی هست و به همین دلیل مشکل پیش میاد. حالا اگر ما مبنای تبدیا واحد رو همون قلم Computer Modern یعنی 1ex=4.30554pt در نظر بگیریم، مشکل حل میشه:
\documentclass{article}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[ExternalLocation]{IRNazanin}
\makeatletter
\renewcommand\section{\@startsection {section}{1}{\z@}%
{-15.06939pt \@plus -4.30554pt \@minus -.861108pt}%
{9.902742pt \@plus.861108pt}%
{\normalfont\Large\bfseries}}
\makeatother
\begin{document}
\section{شبکه}
این یک مثال است.
\end{document}