دلیل مشکل شما این است که برچسبی که با استفاده از \label تعریف می کنید، در کنار شمارنده قرار نمی گیرد. من برای این کار یک آرگومان دیگر در محیط های شما اضافه کردم تا بتوانید از طریق آن برچسب را در کنار شمارنده قرار دهم.
\documentclass[a4paper,11pt,twoside,openany,svgnames]{book}
\usepackage{geometry}
\usepackage[most]{tcolorbox}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{ptext}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1]{Yas}
\newcounter{mycounter}
\numberwithin{mycounter}{chapter}
% names for the structures
\newcommand\theoname{قضیه}
\newcommand\lemmname{لما}
\makeatletter
% environment for theorems
\newtcolorbox{theorem}[2][]{
breakable,
enhanced,
%backgroundcolor=yellow!80,
colback=orange!07,
colframe=orange!07,
top=25pt, %\baselineskip
enlarge top by=\topsep,
overlay unbroken and first={
\node[xshift=-10pt,yshift=-15pt,rounded corners,anchor=east] at (frame.north east) % thick,draw=blue,fill=blue!20,
{\setRTL\hboxR{\refstepcounter{mycounter}\strut{\color{red}{\themycounter~~\bfseries{\theoname}}} \label{#2} \if#1\@empty\relax\relax\else~(#1)\fi}};
}
}
% environment for lemas
\newtcolorbox{lemma}[2][]{
breakable,
enhanced,
colback=red!05,
colframe=red!70!black,
top=\baselineskip,
enlarge top by=\topsep,
overlay unbroken and first={
\node[thick,draw=green!40!black,fill=green!20,rounded corners] at (frame.north) %
{\setRTL\hboxR{\refstepcounter{mycounter}\strut{\bfseries\lemmname~\themycounter} \label{#2}\if#1\@empty\relax\relax\else~(#1)\fi}};
}
}
\makeatother
\begin{document}
\chapter{عنوان فصل}
\begin{theorem}{t1}
\ptext[1]
\end{theorem}
\begin{lemma}{l2}
\ptext[4]
\end{lemma}
\begin{theorem}{t3}
\ptext[1]
\end{theorem}
برچسب قضیه اول
\ref{t1}
و لم
\ref{l2}
و قضیه دوم
\ref{t3}
\end{document}
