سلام
فایل زیر را دو بار اجرا کنین.
ببینین مشکل داره؟
\documentclass{minimal}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Arial}
\begin{document}
\begin{align}\label{e1}
& f(x) = x^2
\end{align}
در \eqref{e1} گفتیم که \ldots{}
\end{document}