دلیل این مشکل اینه که ارتفاع سربرگ‌تون کمه. کد زیر این مشکل رو حل می‌کنه. تنها کاری که کردم، این بوده که با استفاده از دستور
\setlength{\headheight}{120pt}
ارتفاع هدر رو زیاد کردم:
\documentclass[oneside]{book}
\usepackage[a4paper,includeheadfoot,top=1cm,right=2cm,bottom=4cm,left=2cm]{geometry}
\usepackage{lipsum}
\usepackage[demo]{graphicx}% گزینه demo رو حذف کنید!
\usepackage{ifthen,changepage}
\usepackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}{
\chead{
\begin{minipage}[c]{5cm}
\centering
\baselineskip=.5cm
{\large\bfseries میانترم ماشین های الکتریکی 3}\\
{(کارشناسی ناپیوسته)}\\
\baselineskip=.7cm
{مدرس: ...........}\\
\baselineskip=.5cm
{ نیم‌سال اول 95-94}
\end{minipage}
\hskip 15mm
\begin{minipage}[c]{3cm}
\centering
\includegraphics[width=2cm]{arm}
%دانشکده مهندسی مکانیک
\end{minipage}
\hfill
\begin{minipage}[c]{5cm}
\baselineskip=.9cm
{\large نام و نام خانوادگی: ..............}\\
{\large شماره دانشجویی: ...............}
\end{minipage}
\\[1mm]
}}
\setlength{\headheight}{120pt}
%\setlength{\headsep}{4.5cm}
\setlength{\topmargin}{-2cm}
%\setlength{\footskip}{2cm}
\renewcommand{\headrulewidth}{2pt}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{XB Zar}
\setdigitfont{XB Zar}
\usepackage{roundbox}
\begin{document}
مقداری متن
\newpage
مقداری متن دیگر
\newpage
مقداری متن دیگر
\end{document}
