برای این کار میتوانی از بسته bidiftnxtra استفاده کنین
\documentclass[12pt,a4paper]{report}
\usepackage{xepersian}
\usepackage{bidiftnxtra}
\settextfont{Yas}
\begin{document}
\tableofcontents
\chapter{فصل}
\section{بخش}
\subsection{زیربخش\LTRfootnote{text}}
متن
\end{document}
و یا برای پانویسهای بخش و زیربخش به صورت زیر عمل کنین.
\subsection{زیربخش\protect\LTRfootnote{text}}
