مواردی که شما بهشون اشاره کردید خطا نیستند بله هشدار هستند. متن هشدارها به اندازه کافی گویا هست و احتیاج به توضیح نداره. متأسفانه شما باز هم یک فایل کمینه قابل اجرا نگذاشتید که بشه بهتر بهتون کمک کرد. شاید واضحترین مورد این باشه:
Language 'Parsi' not available for font 'Junicode Bold' with script 'Parsi'.
احتمالاً علتش کد زیر هست:
\defpersianfont\TitleBold[Scale=6]{Junicode Bold}
شما واقعاً میدونید دارید چه کاری میکنید؟!