خودتون از موتور تک خواستید که این‌جوری عمل کنه؛ چون محیط table رو داخل محیط latin گذاشتید. در محیط latin همه چیز چپ‌چین و انگلیسی می‌شه. برای حل مشکل به صورت زیر عمل کنید:
\documentclass[11pt]{article}%
\usepackage{amsthm}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\begin{document}
\begin{table}
\centering
\caption{مقادیر $L(K_n)$}
\setLTR
\begin{tabular}{|c|c||c|c||c|c|}
\hline
$n$ & $L(K_n)$ & $n$ & $L(K_n)$ &$n$ & $L(K_n)$ \\ \hline \hline
0 & 0 & 7 & 0.438864 & 14 & 0.504532 \\ \hline
1 & 1 & 8 & 0.489038 & 15 & 0.486391 \\ \hline
2 & 0 & 9 & 0.532252 & 16 & 0.472903 \\ \hline
3 & 0.75 & 10 & 0.554748 & 17 & 0.464845 \\ \hline
4 & 0.592593 & 11 & 0.556775 & 18 & 0.462077 \\ \hline
5 & 0.468750 & 12 & 0.544552 & 19 & 0.463897 \\ \hline
6 & 0.416142 & 13 & 0.525208 & & \\ \hline
\hline
\end{tabular}
\end{table}
\end{document}
یعنی محیط latin رو حذف کنید و از دستور \setLTR استفاده کنید.
در ضمن مشکل شما ارتباطی با tex Maker 1.9.9 نداره؛ چون این فقط یک ویرایشگره. همچنین برای پرسش‌های بعدی‌تون لطفاً کد واقعاً کمینه قرار بدید. همون‌طور که می‌بینید، هیچ‌کدوم از بسته‌های شما نقشی در این مشکل ندارن؛ پس چه بهتر که اون‌ها رو موقع پرسیدن سوال حذف کنید.
در مورد خواسته بعدی‌تون هم باید یک پرسش جدید ایجاد کنید. لطفاً یک بار قوانین و راهنمای سایت رو بخونید.
