علت عدم تغییر در خروجی به خاطر وجود خطا است. فونت‌های B Nazanin و Persian Modern و IranNastaliq و B Titr رو نصب کنید. البته می‌تونید به‌جای این فونت‌ها از فونت‌های دیگری که در سیستم نصب کرده‌اید (و با قالب پایان‌نامه‌ی مصوب دانشگاه تطابق داره) استفاده کنید و به جای سه فونت مذکور، فونت‌های جدید رو در فایل commands.tex دوباره تعریف کنید..
پیروز باشید.
