سلام
دلیل این موضوع اینه که شما برای همه‌ی مراجع از دستور \resetlatinfont استفاده کردید. نمونه کد زیر رو که در پاسخ به یکی از کاربران سایت داده بودم (مراجع مربوط به پرسش اون کاربر است) اما متأسفانه لینکش رو پیدا نکردم قرار می‌دم. از روی این نمونه کد مراجع می‌تونید مراجع خودتون رو اصلاح کنید:
\begin{thebibliography}{99} % assumes less than 100 references
\addcontentsline{toc}{section}{ مراجع} % to add the references to index
%چنانچه مرجع فارسی نیز داشته باشید باید دستور فوق را فعال کنید و مراجع فارسی خود را بعد از این دستور وارد کنید
% 1
\bibitem{bionetbook}
بیورن یونکر، فالک شرایبر، کاربرد شبکه‌ها در بیوانفورماتیک (تحلیل شبکه‌های زیستی)، ترجمه دکتر محی الدین جعفری و وحید نقشینه ارجمند، انتشارات کیهان، 1394
% 2
\bibitem{whatbio}
نفیسه صداقت و محمود فتحی، "مروری بر کاربرد هوش مصنوعی در زیست محاسباتی"، دانشکده مهندسی کامپیوتر، دانشگاه علم و صنعت ایران، کنفرانس ملی دانش پژوهان کامپیوتر و فناوری اطلاعات، آبان 1390
\begin{LTRbibitems}
\begin{latin}
%3
\bibitem{wikicell}
\url{https://en.wikipedia.org/wiki/Cell_(biology)}
%4
\bibitem{central_dogma_ncbi}
\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/MLACourse/Modules/MolBioReview/central_dogma.html}
%5
\bibitem{study.com}
\url{http://study.com/academy/course/college-biology-help-and-review.html }
%6
\bibitem{genomepic}
\url{https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Genome-en.svg}
%7
\bibitem{geneexpression-img}
\url{http://biosocialmethods.isr.umich.edu}
%8
\bibitem{wikiprotein}
\url{https://fa.wikipedia.org/wiki/Protein}
%9
\bibitem{wikicancer}
\url{https://en.wikipedia.org/wiki/Cancer}
%10
\bibitem{Platzer2007}
Platzer, A., Perco, P., Lukas, A., \& Mayer, B. (2007). Characterization of protein-interaction networks in tumors. BMC Bioinformatics, 8, 224. http://doi.org/10.1186/1471-2105-8-224
%11
\bibitem{drsadeghi}
Mirzarezaee, M., N Araabi, B., \& Sadeghi, M. (2010). Comparison of Hubs in Effective Normal and Tumor Protein Interaction Networks. Basic and Clinical Neuroscience, 2(1), 44–50.
%12
\bibitem{graphbiological}
Pavlopoulos et al.: \textbf{Using graph theory to analyze biological networks}. BioData Mining 2011 4:10.
%13
\bibitem{graphbase}
Tero Aittokallio and Benno Schwikowski, \textbf{Graph-based methods for analysing networks in cell biology}, 2006
%14
\bibitem{Sun2010}
Sun, J., \& Zhao, Z. (2010). A comparative study of cancer proteins in the human protein-protein interaction network, 11(Suppl 3), 1–10.
%15
\bibitem{Xiong2014}
Xiong, W., Xie, L., Zhou, S., Liu, H., \& Guan, J. (2014). The centrality of cancer proteins in human protein-protein interaction network: a revisit. International Journal of Computational Biology and Drug Design, 7(2/3), 146–156. http://doi.org/10.1504/IJCBDD.2014.061643
%16
\bibitem{biologicalnetwork-img}
\url{http://www.blopig.com/blog/author/malte/}
% 17
\bibitem{Sanz-Pamplona2012}
Sanz-Pamplona, R., Berenguer, A., Sole, X., Cordero, D., Crous-Bou, M., Serra-Musach, J., … Moreno, V. (2012). Tools for protein-protein interaction network analysis in cancer research. Clinical and Translational Oncology, 14(1), 3–14. http://doi.org/10.1007/s12094-012-0755-9
% 18
\bibitem{Rahman2013}
Rahman, K. M. T., Islam, F., Banik, R. S., Honi, U., \& Diba, F. S. (2013). Changes in protein interaction networks between normal and cancer conditions : Total chaos or ordered disorder, 3(1), 15–28.
% 19
\bibitem{Islam2013}
Islam, F., Hoque, M., Banik, R. S., Roy, S., \& Sumi, S. S. (2013). Comparative analysis of differential network modularity in tissue specific normal and cancer protein interaction networks, 1–23.
%20
\bibitem{Masoudi-nejad2014}
Masoudi-nejad, A., Ghasemi, M., Seidkhani, H., Tamimi, F., Rahgozar, M., \& Masoudi-nejad, A. (2014). Centrality Measures in Biological Networks, (MAY), 1–17. http://doi.org/10.2174/15748936113086660013
%21
\bibitem{littlebook}
"A Little Book of R For Bioinformatics", Avril Coghlan, 2014
%22
\bibitem{hub5}
Han JD, Bertin N, Hao T, Goldberg DS, Berriz GF, et al. (2004) Evidence for dynamically organized modularity in the yeast protein-protein interaction network. Nature 430: 88–93.
%23
\bibitem{hub8}
Ekman D, Light S, Bjo ¨rklund AK, Elofsson A (2006) What properties characterize the hub proteins of the protein-protein interaction network of Saccharomyces cerevisiae Genome Biol 7: R45.
%24
\bibitem{hub12}
Jin G, Zhang S, Zhang XS, Chen L (2007) Hubs with network motifs organize modularity dynamically in the protein-protein interaction network of yeast. PLoS ONE 2: e1207.
%25
\bibitem{hub20}
Aragues R, Sali A, Bonet J, Marti-Renom MA, Oliva B (2007) Characterization of protein hubs by inferring interacting motifs from protein interactions. PLoS Comput Bio 3: e178.
%26
\bibitem{centiscape}
Scardoni et al: \textbf{CentiScaPe: Network centralities for Cytoscape}
%27
\bibitem{centralitybiological}
Ghasemi et al, \textbf{Centrality Measures in Biological Networks}, 2014
%28
\bibitem{Estrada2006}
Estrada, E. (2006). Virtual identification of essential proteins within the protein interaction network of yeast. Proteomics, 6(1), 35–40. http://doi.org/10.1002/pmic.200500209 [doi]
%29
\bibitem{CMIntro}
\url{https://sites.google.com/site/networkanalysisacourse/schedule/an-introduction-to-centrality-measures}
%30
\bibitem{Estrada-subgraph}
Estrada, E., Rodríguez-velázquez, J. A. (n.d.). Subgraph Centrality in Complex Networks, University Carlos III de Madrid.
% 31
\bibitem{EstradaSlide}
Ernesto Estrada, "Introduction to Network Theory: Modern Conscepts, Algorithms and Application", Slide, University of Strathclyde
\end{latin}
\end{LTRbibitems}
%32
\bibitem{SNCentrality}
ریحانه ریگی، دکتر مهرداد جلالی، دکتر محمدحسین معطر، "مروری بر شاخص های مرکزیت در شبکه های اجتماعی"، همایش ملی مهندسی رایانه و فناوری اطلاعات
\begin{LTRbibitems}
\begin{latin}
% 33
\bibitem{Graph2010}
Reinhard Diestel, "Graph Theory", Fourth Edition, 2010, Springer
% 34
\bibitem{NetworkAnalyzer}
\url{http://med.bioinf.mpi-inf.mpg.de/netanalyzer/help/2.7/}
% 35
\bibitem{SadeghiSlide}
Sadeghi, Mehdi, "System Biology and Network Biology", Slide, IPM
% 35
\bibitem{MirzaieIPM}
Mehdi Mirzaie, "Introduction to Graph theory", Slide, System Biology Workshop, IPM
\end{latin}
\end{LTRbibitems}
% 36
\bibitem{shahraki1393}
حسین شهرکی قدیم، بهرام گلیائی، مطالعه برهمکنش های پروتئین پروتئین بر اساس روش انتقال انرژی رزونانس فلورسانس، مجله سمینارهای بیوفیزیک ایران، 1393
\end{thebibliography}
فکر می‌کنم نیاز به توضیح بیشتری نباشه.
پیروز باشید
