احتیاجی به \usepackage[T1]{fontenc} نیست در واقع وجودش خرابکاری می‌کند. اگر فقط یک صفحه است می‌توانید از محیط fullwidth استفاده کنید در صورتی که بیش از یک صفحه است، این پرسش و پاسخ را ببینید.
برای درست کردن مشکل کافی است ترتیب محیط‌های titlepage و fullwidth را تغییر دهید
\documentclass{biditufte-book}
\usepackage{amsmath}
\usepackage[localise=on]{xepersian}
\settextfont[Scale=1.2]{Yas}
\setdigitfont[Scale=1]{Yas}
\begin{document}
\begin{titlepage}
\begin{fullwidth}
\centering
دانشکده ی مهندسی مکانیک\\
دانشگاه صنعتی \\
\vspace*{7\baselineskip}
نگارش: \\[\baselineskip]
{\large دکتر غفاری}
\vspace*{3\baselineskip}
\vfill
{\large نیمسال اول} \\\vspace{3.2pt}
{\large 1395-96}\par
\end{fullwidth}
\end{titlepage}
\baselineskip=.8cm
\setlength{\parindent}{0pt}
\قسمت{مقدمه}
سیسستم زیر را در نظر بگیرید که فرم کلی سیستم‌های مختلفی از جمله سیستم‌های بیولوژیکی، فیزیکی و اجتماعی است:
\begin{equation}
S:
\begin{cases}
\dot x=f(x,u)\\
y=g(x)
\end{cases}
\end{equation}
که $u\in \Omega$ ، یک زیرمجموعه $R^l$ و $x\in M$ ، یک $C^{\infty}$ منیفولد متصل با ابعاد m , $y \in R^n$ و $f$و $g$ توابع $C^{\infty}$ هستند.
متغیر کنترلی u بیانگر ورودی اعمالی از خارج سیستم و متغیر y بیانگر خروجی سیستم است.
برای سیستم‌های خطی می توانیم این سیستم را به صورت زیر بنوسیم:
\قسمت{مشاهده‌‌پذیری}
\end{document}
