سلام
ابتدا توجه کنید برای کوتاه کردم نام مجله یک مدخل، بایستی آن مدخل را انتخاب کرده باشید. با فشردن ctrl+A همه مدخل ها انتخاب می شوند.
این که وقتی گزینه Abbreviate journal names رو با وجود انتخاب بودن یک سری مدخل میزنین و هیج اتفاقی نمی افته احتمالا به دلیل اینه که نام ژورنال های شما در لیست ژورنال های نرم افزار وجود نداره بنابراین باید اضافه شوند که برای این کار 2 راه وجود داره
1. به صورت دستی
از طریق منوی Options گزینه Manage journal abbreviations رو انتخاب کنید

در پنجره باز شده روی علامت مثبت کلیک کنید و نام ژورنال رو به صورت دقیق همراه با نام مختصر آن وارد کنید

2.استفاده از فایل حاوی لیست اختصارات
در آدرس زیر تعدادی از فایل های حاوی لیست اختصارات در حوزه های مختلف وجود داره. بسته به حوزه مورد نظرتون یکی رو دانلود کنید
https://github.com/JabRef/abbrv.jabref.org/tree/master/journals

من مثلا journalabbreviationsmechanical.txt رو دانلود می کنم حالا از طریق همون پنجره Manage journal abbreviations از منوی Options و این بار از بخش External files و به وسیله دکمه Browse فایل دانلود شده رو به Jabref معرفی می کنم. به تعداد دلخواه می توان از این فایل ها به Jabref معرفی کرد

حال با انتخاب مدخل های مورد نطر و انتخاب گزینه Abbreviate journal names در منوی Tools نام ژورنال های مدخل های انتخاب شده کوتاه می شود
پ.ن.: Jabref راهنمای آنلاین داره. مثلا توصیحات مربوط به این بخش، همان گونه که در پاسخ سوال قبلیتان هم معرفی کردم، از طریق آدرس زیر قایل دسترسی است
https://help.jabref.org/en/JournalAbbreviations
موفق باشید