سلام
۱- ابتدا برای درست کردن فایل کمینه به چند مورد توجه کنید:
الف- کلاس مورد استفاده باید یکی از کلاس‌های استاندارد تک باشه مثلاً article،
report و book اما در اینجا شما از کلاس thesis استفاده کردید که من نوعی ندارم!
ب- حتی‌الامکان از قرار دادن تنظیمات خاص که به صفحه‌آرایی مربوط میشه اجتناب کنیدمثلا موارد زیر اضافی هستند مگر این که به نوعی به مشکل مطرح شده مربوط باشند:
\pagestyle{plain}
\pagenumbering{tartibi}
\tableofcontents
\mainmatter
۲- اما در مورد مشکل مطرح شده:
کافیه از دستور \protect قبل از زیرنویس به صورت زیر استفاده کنید:
\documentclass[oneside]{report}
\usepackage[colorlinks=true]{hyperref}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1]{B Mitra}
\setdigitfont{Calibri}
\setlatintextfont[Scale=1]{Calibri}
\begin{document}
\chapter{عنوان فصل اول}
\section{عنوان قسمت اول\protect\LTRfootnote{\lr{first}}}
\end{document}
و خروجی:
در پایان باید عرض کنم که کدهایی که در بالا قرار دادم مثالی از یک فایل کمینه است.
