سلام.
اگر نمونه‌ی یک قالب پایان نامه را از سایت بگیرید، حاوی یک فایل تک با عنوان commands است که در آنجا تمام دستورهای لازم برای تنظیمات مربوطه وجود دارد.
به احتمال زیاد دستورهای زیر را هم شامل می‌شود:
% فراخوانی بسته زی‌پرشین و تعریف قلم فارسی و انگلیسی
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1.2]{XB Niloofar}
% دستور زیر فونت نوشته های انگلیسی را مشخص می کند. از revision 118% زی‌پرشین به بعد، وارد کردن دستور زیر لازم نیست. توجه داشته باشید %که در صورت غیرفعال کردن این دستور،
% از فونت پیش‌فرض لاتک برای کلمات انگلیسی استفاده خواهد شد.
\setlatintextfont[ExternalLocation,BoldFont={lmroman10-bold},BoldItalicFont={lmroman10-bolditalic},ItalicFont={lmroman10-italic}]{lmroman10-regular}
% %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% دستور زیر برای مشخص کردن فونت اعداد در متن ریاضی است. %چنانچه می‌خواهید اعداد در فرمول‌ها، انگلیسی باشد، خط زیر را غیرفعال کنید
\setdigitfont[Scale=1.2]{Iranian Sans}
(البته قسمت های درصد دار رو من کمی بهش توضیح اضافه کردم.
شما کافی است نام فونت دلخواهتون رو از توی ورد پیدا کنید و به جای فونت هایی که اونجا نوشته تایپ کنید.
اگر هم فایل command رو پیدا نکردید توی فایل main (همون فایل اصلی که Run می کنید) خود به دنبال دستورات فوق بگردید و اگر باز هم پیدا نکردید بعد از دستور :
\usepackage{xepersian}
که مطمئناً اونو پیدا می کنید خودتون دستور های که توضیح دادم بنویسید.
