خوب علت برمی‌گرده به اون دستورات ناشیانه و اضافی که در سندتون وارد کردید!
مثلاً چه لزومی داره که از دستور \topmargin = 3cm اون هم به صورت مکرر استفاده کنید؟! این دستورات باعث شده که شماره‌ی صفحه از دید خارج بشه!
کد اصلاح شده برای تنظیم حاشیه‌ها براساس بسته‌ی geometry به صورت زیر است:
\documentclass[12pt,a4paper]{report}
\usepackage{amsthm,amssymb,amsmath}
\usepackage[top=3cm, bottom=3cm, left=2.5cm, right=4cm]{geometry}
\usepackage{setspace}
\usepackage[]{xepersian}
\settextfont{Yas}
\settextfont{Yas}
\setlength{\parindent}{0pt}
\setlength{\parskip}{1ex plus 0.5ex minus 0.2ex}
\begin{document}
%دستورزیر برای حروف ابجد قبل از شماره زدن صفحه بکار رفته
\pagenumbering{harfi}
\newpage
\clearpage
%\topmargin = 3cm
%
%\clearpage
%\topmargin = -2cm
\vspace{.5cm} %فاصله عمودی
\centerline{\textbf{دانشکده علوم پایه} }
\vspace{.5cm} %
\centerline{ \textbf{ دانشگاه پیام‌نور استان مازندران واحد بابل} }
\vspace{.5cm}
\centerline{ \textbf{ پایان‌نامه برای دریافت درجه کارشناسی ارشد } }
\vspace{.5cm} %
\centerline{ \textbf{ رشته ریاضی محض } }
\vspace{.5cm}
\centerline{ \textbf{گروه علوم پایه } }
\vspace{2cm}
\centerline{\textbf{ بهار 1396 } }
\newpage
\clearpage
%\topmargin = 1.50cm
\newgeometry{a4paper,top=15mm}
\baselineskip=.750cm
نام خانوادگی: ...
\hspace{3cm}
نام: ...
\hrulefill
عنوان پایان‌نامه:ناهمواری در حلقه‌ها
\hrulefill
استاد راهنما: دکتر ...
استاد مشاور: دکتر ...
\hrulefill
مقطع تحصیلی: کارشناسی ارشد \hspace{1cm} رشته: ریاضی محض
\hspace{1cm}
گرایش: جبر
\hrulefill
دانشگاه:پیام‌نور استان مازندران واحد بابل \hspace{3.5cm} دانشکده: ریاضی
تاریخ فارغ‌التحصیلی: بهار 1396\hspace{5.3cm} تعداد صفحه: 100
% با حذف دستور بالا، مجبور می‌شوید تعداد صفحات را بصورت دستی وارد کنید
\hrulefill
کلید واژه‌ها:\\
ناهموار.
\newpage
\clearpage
\newgeometry{a4paper,top=15mm}
\baselineskip=.750cm
نام خانوادگی: ...
\hspace{3cm}
نام: ...
\hrulefill
عنوان پایان‌نامه:ناهمواری در حلقه‌ها
\hrulefill
استاد راهنما: دکتر ...
استاد مشاور: دکتر ...
\hrulefill
مقطع تحصیلی: کارشناسی ارشد \hspace{1cm} رشته: ریاضی محض\hspace{1cm}
گرایش: جبر
\hrulefill
دانشگاه:پیام‌نور استان مازندران واحد بابل \hspace{3.5cm} دانشکده: ریاضی
تاریخ فارغ‌التحصیلی: بهار 1396\hspace{5.3cm} تعداد صفحه: 100
% با حذف دستور بالا، مجبور می‌شوید تعداد صفحات را بصورت دستی وارد کنید
\hrulefill
کلید واژه‌ها:\\
ناهموار.
\baselineskip=1.2cm % فاصله بین خطوط
\newpage
\newgeometry{top=3cm, bottom=3cm, left=2.5cm, right=4cm}
%برای شماره زدن عددی
\pagenumbering{arabic}
سپاس خداوندگار حکیم را که با لطف بی‌کران خود، آدمی را زیور عقل آراست.\\
در نگارش این پایان‌نامه افراد بسیاری به طور مستقیم یا غیر مستقیم نقش داشته‌اند. در آغاز وظیفه خود می‌دانم از زحمات بی‌دریغ استاد راهنمای خود، جناب آقای دکتر فیروزیان، صمیمانه تشکر و قدردانی کنم که قطعاً اگر دلسوزی‌ها، تذکر‌ها، تشویق‌ها و یاری ایشان در مراحل مختلف راه‌گشای من نبود، هرگز این مجموعه به اتمام نمی‌رسید.\\
از جناب آقای دکتر ادبی تبار که زحمت مطالعه و مشاوره این رساله را تقبل فرمودند و در آماده سازی این رساله، به نحو احسن اینجانب را مورد راهنمایی قرار دادند، کمال امتنان را دارم.\\
همچنین لازم می دانم از آقای دکتر فیروزیان، کمال قدردانی را داشته باشم که بدون راهنمایی های ارزنده ایشان، این مجموعه به انجام نمی رسید.\\
از جناب آقای دکتر طلایی که داوری این پایان‌نامه را تقبل فرمودند و همچنین از کلیه عزیزانی که در این مدت اینجانب را راهنمایی نموده‌اند، نهایت تشکر را دارم.\\
و در پایان، بوسه می‌زنم بر دستان خداوندگاران مهر و مهربانی، پدر و مادر عزیزم و بعد از خدا، ستایش می‌کنم وجود مقدس‌شان را و تشکر می‌کنم از برادران و خواهران عزیزم به پاس عاطفه سرشار و گرمای امیدبخش وجودشان، که در این سردترین روزگاران، بهترین پشتیبان من بودند.
\newpage
%برای شماره زدن عددی
%\pagenumbering{arabic}
\markboth{چکیده}{}
%ظاهر شدن چکیده در فهرست مطالب
\addcontentsline{toc}{section}{چکیده}
\baselineskip=1.2cm % فاصله بین خطوط
در این پایان‌نامه مفاهیم پایه‌ای نظریه مجموعه‌های ناهموار ارائه میشود. در واقع این پایان نامه به رابطه بین مجموعه‌های ناهموار و نظریه حلقه‌ها مربوط میشود. ما مفهوم زیرحلقه ناهموار وابسته به ایده آل یک حلقه که توسیعی از مفهوم زیرحلقه میباشد را معرفی میکنیم و همچنین برخی از خواص تقریب‌های پایینی و بالایی در یک حلقه را ارائه خواهیم کرد. در پایان توسط بعضی مثال‌‌های نقض نشان می‌دهیم که گزاره‌‌های 2. 1. 10 ، 2. 1. 7 و قسمت (ب) گزاره 2. 2. 3 در حالت کلی درست نیستند و سپس اصلاح شده آن‌‌ها را نیز ارائه خواهیم کرد.
\end{document}
