با سلام...
مشکل حل شد... از دستورات زیر جهت چپ کردن فرمولهای ریاضی استفاده میکردم که مشکل عدم همخوانی شماره فرمول ارجاعی با رابطه داخل متن رو ایجاد میکرد.
\makeatletter
\newcommand{\mathleft}{\@fleqntrue\@mathmargin\parindent}
\newcommand{\mathcenter}{\@fleqnfalse}
\makeatother
ذکر این نکته نیز مفید است که برای چپ چین کردن روابط از دستور زیر استفاده شود که هیچ گونه ایراد و خطایی ندارد.
\ usepackage[fleqn]{amsmath}
با تشکر از سایت خوبی که ایجاد کردین
