فکر میکنم شما فایل را به درستی کامپایل نکرده‌اید. در همان صفحه‌ای که به آن ارجاع داده‌اید، نحوه کامپایل را توضیح داده است. ابتدا باید آن را یک بار با xelatex اجرا کنید و سپس با دستورات
xindy -L persian-variant1 -C utf8 -I xindy -M Thesis.xdy -t Thesis.glg -o Thesis.gls Thesis.glo
xindy -L persian-variant1 -C utf8 -I xindy -M Thesis.xdy -t Thesis.blg -o Thesis.bls Thesis.blo
xindy -L english -C utf8 -I xindy -M Thesis.xdy -t Thesis.alg -o Thesis.acr Thesis.acn
و سرانجام دو بار دیگر با xelatex.
======================
توضیح اینکه:
برای افزودن دستورات کامپایلی که به طور پیش‌فرض در تکورکس نیست، باید از منوی edit گزینه preferences را انتخاب کنید و از آنجا به typesetting بروید. در قسمت processing tools بر روی علامت «مثبت» کلیک کنید تا پنجره‌ای شبیه شکل زیر باز شود:
قسمت name که دلخواه است. در قسمت program باید نوع کامپایلر را مشخص کنید. در قسمت arguments با کلیک بر روی علامت مثبت، باید آرگومان‌های دستور تعیین شوند. به ازای هر فاصله‌ای که در دستور می‌بینید، باید آرگومان جدیدی اضافه کنید. به‌علاوه، به ازای نام فایل از $basename استفاده می‌کنیم. پس اولین دستور بدین شکل در این قسمت گنجانده می‌شود:
اکنون کامپایلری با نام xindy0 خواهید داشت:
و اجرای آن معادل با اجرای دستور اول است.
به همین ترتیب، برای بقیه دستورها هم چنین عملی را انجام دهید.
