سلام
به جمع پارسی‌لاتک خوش آمدید.
قبل از پرسیدن سوال بهتر است قوانین سایت را مطالعه کنید و برای موارد بعد فایل کمینه را ضمیمه کنید.
برای معادلات باید از دستور \eqref جهت ارجاع به آن استفاده کنید.
نمونه‌ی زیر را ببینید:
\documentclass[12pt]{book}
\usepackage{amsmath}
\usepackage[logo=on,%
inlinemathdigits=persian,%
displaymathdigits=persian%
]{xepersian}
\settextfont[Scale=1.1]{XB Niloofar}
\settextdigitfont[Scale=1.1]{Yas}
\setmathdigitfont[Scale=1]{PGaramond}
\begin{document}
\null\vfill
\begin{equation}\label{1}
a^2+b^2=c^2
\end{equation}
بنا بر معادله‌ی
\eqref{1}
داریم:
\end{document}
این ارجاع در محیط فارسی است و مشکلی ندارد. اگر در فایل شما مشکلی برای این ارجاع دادن وجود دارد ممکن است در پردازش سند شما خطا وجود دارد که باید آن را رفع کنید.
دلیل دیگر برای این مشکل این است که ممکن است شما برچسب تکراری داشته باشید. برچسب‌ها را تعویض کنید و نتیجه را ببینید.
خروجی شما با نسخه‌ی اولیه‌ی تکلایو 2018 مطابق زیر است:
![enter image description here][1]
ویرایش دوم بر اساس نمونه‌ای که در قسمت نظرات اضافه کرده اید.
کد شما:
\documentclass[12pt]{book}
\usepackage{amsmath}
\usepackage[logo=on,%
inlinemathdigits=persian,%
displaymathdigits=persian%
]{xepersian}
\settextfont[Scale=1.1]{XB Niloofar}
\settextdigitfont[Scale=1.1]{Yas}
\setmathdigitfont[Scale=1]{PGaramond}
\begin{document}
\null\vfill
\begin{equation}\label{1}
a^2+b^2=c^2
\end{equation}
بنا بر معادله‌ی
\eqref{1}
داریم:
\\
\begin{equation}
P(i^{'},t_{2}|i,t_{1})\delta t_{2} = \omega_{t_{2}}(i,i^{'}) \delta t_{2} \exp \bigg( - \int_{t_{1}}^{t_{2}} \lambda_{u}(i) du\bigg)
\label{eq1}
\end{equation}
است. با استفاده از احتمالهای محدود زمانی \eqref{eq1} و نرخ‌ها و احتمالهای گذار، می‌توان احتمال یک مسیر $w$ دربازه
\end{document}
خروجی:
![enter image description here][2]
ویرایش سوم بنا به خواسته‌ی شما در قسمت نظرات در خصوص ظاهر نشدن برچسب معادله در هنگام ارجاع:
مشکل از آپشن thmmarks از بسته‌ی ntheorem است. اونو پاک کنید و به صورت زیر در فایل command قرار دهید:
\usepackage[framed]{ntheorem}
این هم خروجی شما:
![enter image description here][3]
موفق باشید.
