سلام
با توجه به ساختار زیر عمل کنید:
\documentclass[a4paper,12pt]{report}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amsfonts}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{amssymb,epsf}
\usepackage{float}
\usepackage{latexsym}
\usepackage{subcaption}
\usepackage{epstopdf}
\usepackage{tabularx}
\usepackage{graphicx,epsfig} % inserting images
\usepackage[top=3cm,right=4cm,bottom=3cm,left=3cm]{geometry}
\usepackage{titlesec}
\usepackage{rotating}
\usepackage{threeparttable}
%\usepackage{fancyhdr}
\usepackage[numbers,sort&compress]{natbib}
\usepackage[pagebackref=false,colorlinks,linkcolor=blue,citecolor=magenta]{hyperref}
\usepackage{xepersian}
\defpersianfont\nastaliq[Scale=1.1]{XB Zar}
\settextfont[Scale=1.1]{XB Zar}%Zar}
\setdigitfont{Yas}
\renewcommand\bibname{منابع}
\makeatletter
\bidi@patchcmd{\@harfi}{آ}{الف}
{\typeout{Succeeded in changing `آ` into `الف`}}
{\typeout{Failed in changing `آ` into `الف`}}
\makeatother
\flushbottom
% ------------------------------------
\makeatletter
\renewcommand*\l@chapter[2]{%
\ifnum \c@tocdepth >\m@ne
\addpenalty{-\@highpenalty}%
\vskip 1.0em \@plus\p@
\setlength\@tempdima{4.6em}%
\begingroup
\parindent \z@ \if@RTL\leftskip\else\rightskip\fi \@pnumwidth
\parfillskip -\@pnumwidth
\leavevmode \bfseries
\advance\if@RTL\rightskip\else\leftskip\fi\@tempdima
\hskip -\if@RTL\rightskip\else\leftskip\fi
#1\nobreak\leaders\hbox{$\m@th
\mkern \@dotsep mu\hbox{.}\mkern \@dotsep
mu$}\hfill \nobreak\hb@xt@\@pnumwidth{\hss #2}\par
\penalty\@highpenalty
\endgroup
\fi}
\renewcommand\tableofcontents{%
\if@twocolumn
\@restonecoltrue\onecolumn
\else
\@restonecolfalse
\fi
\centerline{\huge\bfseries\contentsname
\@mkboth{%
\MakeUppercase\contentsname}{\MakeUppercase\contentsname}}%
\vskip 40\p@
\@starttoc{toc}%
\if@restonecol\twocolumn\fi
}
\renewcommand{\@starttoc}[1]{%
\hboxR to \textwidth{عنوان \hfill صفحه}
\begingroup
\makeatletter
\@input{\jobname.#1}%
\if@filesw
\expandafter\newwrite\csname tf@#1\endcsname
\immediate\openout \csname tf@#1\endcsname \jobname.#1\relax
\fi
\@nobreakfalse
\endgroup}
%----------------------------------------------------
\titleformat{\chapter}[display]
{\normalfont\LARGE\bfseries\centering}{}{20pt}{\LARGE}
\titlespacing{\chapter}{2pc}{1.4 cm}{1 cm}[2pc]
%\titleformat*{\section}{\large\bfseries}
%\titleformat*{\subsection}{\bfseries}
%\include{jeld_info}
\renewcommand{\listfigurename}{فهرست نمودارها}
\renewcommand{\listtablename}{فهرست جدول‌ها}
\makeatletter
\def\@makeLTRfnmark{\hbox{\@textsuperscript{\latinfont\@thefnmark}}}
\renewcommand\@makefntext[1]{%
\parindent 1em%
\noindent
\hb@xt@1.8em{\hss\if@RTL\@makefnmark\else\@makeLTRfnmark\fi}#1}
\makeatother
\begin{document}
\SepMark{-}
%\input{ch0}
\pagenumbering{alph}
%\include{cover_fa}
%\input{ch0}
%\newpage
%\input{besmellah}
%\include{ezharnameh}
%\include{taeid}
\baselineskip 27pt
%\include{taghdim}
%\include{setayesh}
%\include{sepas}
%\baselineskip 32pt
%\include{abstract}
\tableofcontents
\listoftables
\listoffigures
\baselineskip 27pt
\clearpage
\pagenumbering{adadi}
\baselineskip 27pt
\clearpage
\makeatletter
\renewcommand\thechapter{\@arabic\c@chapter}
\makeatother
\baselineskip 27pt
%\include{ref}
\baselineskip 27pt
%\include{abstract_en}
\baselineskip 27pt
%\include{taeid-en-2}\label{key}
\baselineskip 27pt
\clearpage
\pagenumbering{arabic}
\include{chap1}
\include{chap2}
\include{er}
\appendix
\renewcommand{\chaptername}{پیوست}
\renewcommand{\thechapter}{\chaptername~\harfi{chapter}}
\include{app1}
\include{app2}
%\include{cover_en}
\end{document}
توجه کنید که در ابتدای فصول نیازی به درج دستور زیر نیست:
\addcontentsline{toc}{chapter}{پیوست‌ها}
این دستور فقط در ابتدای اولین پیوست شما قرار می‌گیرد.
در ضمن برای پیوست‌ها باید در انتهای سند شما قرار گیرند. چون ساختار ظاهر شدن فصل‌ها را برای این‌کار تغییر می‌دهیم.
خروجی‌های فهرست‌های شما با نسخه‌های اولیه‌ی تکلایو 2018 به صورت زیر است:
![enter image description here][2]
علامت سوال دربالا به خاطر این است که من داده های شما را نداشتم . همچنین جدولی فرضی برای ظاهر شدن فهرست جداول را به سند شما اضافه کرده‌ام.
ویرایش دوم با توجه به خواسته‌ی شما در قسمت نظرات:
از ساختار زیر برای صفر کردن شماره‌ی فصل قبل از \appendix استفاده کرده‌ام.
\setcounter{chapter}{0}
\appendix
از بسته و دستورات زیر نیز قبل از بسته‌ی زی‌پرشین بهره گرفته‌ام:
\usepackage{tocloft}
\setlength{\cftfignumwidth}{5.55em}
\setlength{\cfttabnumwidth}{5.55em}
فهرست‌های خود را نیز به صورت زیر تغییر دهید:
\tableofcontents\clearpage
\listoftables\clearpage
\listoffigures\clearpage
خروجی های زیر را دارید:
موفق باشید.
