سلام
بنابر قوانین سایت من فقط باید به یک پرسش شما پاسخ دهم. پس فقط در مورد تغییرات فهرست جواب می‌دهم:
کد زیر مشکل شما را حل می‌کند:
\makeatletter
\let\latexl@section\l@section
\def\l@section#1#2{\begingroup\let\numberline\@gobble\latexl@section{#1}{#2}\endgroup}
\makeatother
دستورات شما مطابق زیر می‌شوند:
\documentclass[12pt,a4paper]{article}
\usepackage{amsthm,amssymb,amsmath}
\usepackage[top=3.5cm,right=4cm,bottom=3cm,left=2cm]{geometry}
\usepackage[pagebackref=false,colorlinks,linkcolor=blue,citecolor=magenta]{hyperref}
\usepackage{tocbibind}
\usepackage{makeidx}
\makeindex
%%%%%%%%%% Header Setting %%%%%%%%
\usepackage{color}
\usepackage{fancyhdr}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1.1]{XB Niloofar}
%%%%%%%%%% Header Setting - Add Title & Page number %%%%%%%%
\pagestyle{fancy}
\fancyhead[OL,ER]{\thepage}
\fancyhead[EL]{{\qquad \color{blue}\thickhrulefill} \qquad \rl{\leftmark}}
\renewcommand{\headrulewidth}{1pt}
\renewcommand{\footrulewidth}{0pt}
\fancyfoot{}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%\renewcommand{\thesection}{}
\makeatletter
\let\latexl@section\l@section
\def\l@section#1#2{\begingroup\let\numberline\@gobble\latexl@section{#1}{#2}\endgroup}
\makeatother
\begin{document}
\pagenumbering{harfi}
\tableofcontents\clearpage
\baselineskip=.75cm
\pagenumbering{arabic}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\newpage
\section*{چکیده}
\addcontentsline{toc}{section}{چکیده}
\markboth{چکیده}{}
متن چکیده ای برای سمینار ...
\newpage
\section*{اهمیت موضوع}
\markboth{اهمیت موضوع}{}
متن اهمیت موضوع ...
%%%% Chapter 1
\newpage
\section{بخش اول}
متن فصل اول ...
\newpage
\subsection*{مقدمه}
\addcontentsline{toc}{subsection}{مقدمه}
\markboth{مقدمه}{}
متن مقدمه فصل اول ...
\newpage
\subsection{زیر بخش اول برای بخش اول}
متن زیر فصل ...
\newpage
\section*{بخش دوم}
\addcontentsline{toc}{section}{بخش دوم}
\markboth{مقدمه}{}
متن بخش دوم
\subsection{زیر بخش اول برای بخش دوم}
متن زیر بخش ...
\subsubsection{زیر بخش اول برای زیر بخش اول}
متن زیر بخش ...
\newpage
متن زیر بخش ...
%%%%%%%%%%%%%%%%% Referrences %%%%%%%%%%%%%%
\newpage
\small
\begin{thebibliography}{99}
\begin{LTRitems}
\resetlatinfont
\bibitem{ref-1}
Madhvi A. Pradhan, Supriya Patankar, Akshay Shinde, Virendra Shivarkar and Prashant Phadatare {\em IoT for Smart City: Improvising Smart Environment} - IEEE 2017, Published in International Conference on Energy, Communication, Data Analytics and Soft Computing (ICECDS-2017)
\end{LTRitems}
\end{thebibliography}
\printindex
\end{document}
خروجی شما با تکلایو 2018 مطابق زیر است:
موفق باشید.
