سلام
فایلی با نام preamble.tex در پوشه‌ی شما هست. محتوای آن را پاک کنید و به جاش محتوای زیر را قرار دهید. در آن قسسمت تعریفی وجود دارد که باعث این مشکل شده است:
\usepackage[pass,paperwidth=16.5cm,paperheight=23.5cm]{geometry}
\usepackage{amsthm,amssymb,amsmath}
\usepackage{epsf,graphicx}
\usepackage{titlesec}
\usepackage{setspace}
\usepackage{zref-perpage}
\zmakeperpage[1]{footnote}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{B Nazanin}
\DefaultMathsDigits
\setfootnoteLR
\makeatletter
\def\@makeLTRfnmark{\hbox{\@textsuperscript{\latinfont\@thefnmark}}}
\renewcommand\@makefntext[1]{%
\parindent 1em%
\noindent
\hb@xt@1.8em{\hss\if@RTL\@makefnmark\else\@makeLTRfnmark\fi}#1}
\makeatother
\SepMark{-}
\titlespacing*{\section}{0pt}{1cm}{.2cm}
\titleformat{\section}
{\fontsize{12}{6}\scshape\bfseries}{\thesection}{1em}{}
\titlespacing*{\subsection}{0pt}{.8cm}{0cm}
\titleformat{\subsection}
{\fontsize{12}{6}\scshape\bfseries}{\thesubsection}{1em}{}
البته خطاهای دیگری نیز در فایل کمینه‌ی شما بود که مربوط به این پرسش نیست و در فایل زیر برطرف کرده‌ام:
\documentclass[fleqn]{report}
\usepackage{amsmath}
\usepackage[colorlinks]{hyperref}
%\usepackage[colorlinks=true,citecolor=black,linkcolor=black,urlcolor=black]{hyperref}
\usepackage{subfigure}
\usepackage[subfigure,titles]{tocloft}
\usepackage{bm}
\usepackage{amsbsy}
\usepackage[table]{xcolor}
%\usepackage[table,x11names]{xcolor}
\usepackage[table]{xcolor}
\usepackage{tabu}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{tabularx,booktabs,caption}
%\usepackage{tcolorbox}
\usepackage[many]{tcolorbox}
%\usepackage[skins]{tcolorbox}
\usepackage{algorithm}
%\usepackage{algorithmic}
\usepackage{algpseudocode}
\usepackage{multicol, latexsym, amsmath, amssymb}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{booktabs,lipsum}
\usepackage{float}
\usepackage{xpatch}
\usepackage{pgf,tikz}
\usepackage{mathrsfs}
\usetikzlibrary{arrows}
\usepackage{comment}
\usepackage{multirow}
%\usepackage{refcheck}
\usepackage{fancyhdr}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[bottom]{footmisc}
\usepackage{lipsum}
\usepackage{setspace}
%\usepackage{tocloft}
%\usepackage[titles]{tocloft}% don't allow tocloft to manage toc titles
%\usepackage{titletoc}
\usepackage{etoolbox}
%***********
% for dot in front of chapter title
%فصل اول: مقدمه.....................1
\renewcommand\cftchapdotsep{\cftdotsep}%
%\setlength{\cftchapnumwidth}{5em}
%***********************************
\include{preamble}
\titleformat{\section}{\large\bfseries}{\thesection-}{3pt}{}
\titleformat{\subsection}{\large\bfseries}{\thesubsection-}{3pt}{}
\makeatletter
% اضافه کردن خط تیره بعد از شماره‌ها در متن
\def\@seccntformat#1{\csname the#1\endcsname\@SepMark\quad}
% اضافه کردن خط تیره بعد از شماره‌ها در فهرست مطالب
\renewcommand{\cftsecaftersnum}{\@SepMark}%
\renewcommand{\cftsubsecaftersnum}{\@SepMark}%
\renewcommand{\cftsubsubsecaftersnum}{\@SepMark}%
\makeatother
\setcounter{secnumdepth}{4}
\setcounter{tocdepth}{4}
\setlength\cftsecnumwidth{3em}
\setlength\cftsubsecnumwidth{4em}
\setlength\cftsubsubsecnumwidth{5em}
\newcommand\mydot[1]{\scalebox{#1}{.}}
\renewcommand\cftdot{\mydot{1.5}}
\renewcommand\cftdotsep{1.8}
\renewcommand{\cftsecleader}{\small\cftdotfill{\cftsecdotsep}}
\begin{document}
%************
%remove abstract and number of table of contents and list of figures from Toc (we add numbers to TOC in chapter 1)
\addtocontents{toc}{\setcounter{tocdepth}{-1}}
%****************
%************************
% The abstract of the paper goes here: abstract.tex
\include{tableofcontents}
%************************
%*****************************************************************
%% تنظیم مناسب صفحه و فونت برای متن اصلی پایان‌نامه
\newgeometry{left=2cm,right=2.5cm,top=2cm,bottom=2cm,includehead=false,headsep=12.7mm,footnotesep=12.7mm}
\settextfont{B Nazanin}\fontsize{12}{6}\selectfont
\setlatintextfont{Times New Roman}\fontsize{10}{6}
\baselineskip=1cm
\pagenumbering{arabic}
%***********
%Different header in odd and even pages
\csname@twosidetrue\endcsname %instead of using twoside in document class
\pagestyle{fancy}
\renewcommand{\chaptermark}[1]{\markboth{ \chaptername\ \tartibi{chapter}:\;\; #1}{}}
\fancyhf{} % delete current header and footer
\cfoot{\thepage}
\fancyhead[RE]{\leftmark}
\fancyhead[LE]{پایان‌نامۀ کارشناسی ارشد}
\fancyhead[LO]{تشخی از سیستم }
%***********
%\pagestyle{plain}
%*****************************************************************
% Main chapters
\include{chap1}
\include{chap2}
\end{document}
![enter image description here][2]
موفق باشید.
