سلام
وقتی بسته زی‌پرشین فراخوانی می‌شه، بعدش باید فونت فارسی هم برای متنتون تعیین کنید که در فایل شما موجود نیست. کافیه بعد از این بسته با دستور
\settextfont{Yas}
برای متنتون فونت تعیین کنید که من برای مثال Yas گذاشتم.
هم‌چنین همونطور که جناب مددپور بزرگوار فرمودند یا خط اول را پاک کنید یا اینکه حروف xelatex را در خط اول کوچک بنویسید. یعنی:
% !TEX TS-program = xelatex
کدهای شما به صورت زیر است:
% !TEX TS-program = xelatex
% Commands for running this example:
% xelatex boxes-with-text-and-math
% End of Commands
\documentclass{article}
\usepackage[left=2.5cm,right=2.5cm]{geometry}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{shapes,snakes}
\usepackage{amsmath,amssymb}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\begin{document}
\thispagestyle{empty}
% Define box and box title style
\tikzstyle{mybox} = [draw=red, fill=blue!20, very thick,
rectangle, rounded corners, inner sep=10pt, inner ysep=20pt]
\tikzstyle{fancytitle} =[fill=red, text=white]
\begin{tikzpicture}
\setRTL
\node [mybox] (box){%
\begin{minipage}{0.50\textwidth}
این یک معادله هست که در اینجا می‌نویسم تا به شما نشان بدهیم
\begin{align}
\dot{n} &= u\cos\psi -v\sin\psi \\
\dot{e} &= u\sin\psi + v\cos\psi
\end{align}
که چگونه می‌توان تعدادی معادله در این جعبه قرار داد تا به زیبایی نوشته کمک کند.
\begin{align}
\dot{n} &= u -v\delta_\psi \\
\dot{e} &= u\delta_\psi + v
\end{align}
\end{minipage}
};
\node[fancytitle, left=10pt] at (box.north east) {\hboxR{یک عنوان}};
\node[fancytitle, rounded corners] at (box.west) {$\clubsuit$};
\end{tikzpicture}%
\bigskip
\tikzstyle{mybox} = [draw=blue, fill=green!20, very thick,
rectangle, rounded corners, inner sep=10pt, inner ysep=20pt]
\tikzstyle{fancytitle} =[fill=blue, text=white, ellipse]
\begin{tikzpicture}[transform shape, rotate=10, baseline=-3.5cm]
\setRTL
\node [mybox] (box) {%
\begin{minipage}[t!]{0.5\textwidth}
طبق آخرین قضیهٔ فِرْما داریم:
\[
x^n + y^n = z^n
\]
معادلهٔ فوق جواب صفر برای $x$, $y$ و $z$ ندارد وقتیکه $n > 2$.
\end{minipage}
};
\node[fancytitle] at (box.north) {\hboxR{آخرین قضیهٔ فِرْما}};
\end{tikzpicture}
%
\end{document}
خروجی:
