سلام
جلوتر نوشته شدن علتش این هست که اول خطوط در محیط align اگه & نذارید، از راست تراز میشوند.
کافیه اول هر دو خط، & بذارین.
\begin{subequations}
\begin{align}
&
 \begin{array}{l}
    \overline{E}_{1}(\overline{R}) \\
    =\frac{-\eta_{0}}{8\pi^{2}}\int_{-\infty}^{\infty} \int_{-\infty}^{\infty}  \frac{1}{h_{1}}[(b_{1}\overline{N}(h_{1}) + b_{1}^{\prime}\overline{M}(h_{1}))\exp(ih_{1}z_{0})\\ + \overline{N}(h_{1})\exp(-ih_{1}z_{0})] \exp (i(\kappa_{x}x+\kappa_{y}y)) d\kappa_{x} d\kappa_{y}\quad z>z_{0}
    \end{array}\\
&     
\begin{array}{l}
    \overline{E}_{1}(\overline{R}) \\
    =\frac{-\eta_{0}}{8\pi^{2}}\int_{-\infty}^{\infty} \int_{-\infty}^{\infty}  \frac{1}{h_{1}}(\overline{N}(-h_{1})+b_{1}\overline{N}(h_{1}) + b_{1}^{\prime}\overline{M}(h_{1}))\\
    \exp(ih_{1}z_{0})\exp (i(\kappa_{x}x+\kappa_{y}y)) d\kappa_{x} d\kappa_{y}\quad z<z_{0}
    \end{array}
    \end{align}
\end{subequations}
خروجی:

و چون فرمول را در محیط array گذاشتین، از حالت displaystyle خارج شده و ریزتر شده.
میتونین از محیط aligned استفاده کنین.
\begin{align}
& 
    \begin{aligned}
    & \overline{E}_{1}(\overline{R}) \\
    & =\frac{-\eta_{0}}{8\pi^{2}}\int_{-\infty}^{\infty} \int_{- \infty}^{\infty}  \frac{1}{h_{1}}[(b_{1}\overline{N}(h_{1}) + b_{1}^{\prime}\overline{M}(h_{1}))\exp(ih_{1}z_{0})\\ 
    & + \overline{N}(h_{1})\exp(-ih_{1}z_{0})] \exp (i(\kappa_{x}x+\kappa_{y}y)) d\kappa_{x} d\kappa_{y}\quad z>z_{0}
    \end{aligned}\\
&
     \begin{aligned}
    & \overline{E}_{1}(\overline{R}) \\
    & =\frac{-\eta_{0}}{8\pi^{2}}\int_{-\infty}^{\infty} \int_{-\infty}^{\infty}  \frac{1}{h_{1}}(\overline{N}(-h_{1})+b_{1}\overline{N}(h_{1}) + b_{1}^{\prime}\overline{M}(h_{1}))\\
    & \exp(ih_{1}z_{0})\exp (i(\kappa_{x}x+\kappa_{y}y)) d\kappa_{x} d\kappa_{y}\quad z<z_{0}
    \end{aligned}
    \end{align}
خروجی:

موفقتر باشین.