سلام
وقتی بستهٔ tocbibind رو فراخوانی میکنین، خودش مراجع (bibtex) و نمایه رو میاره به فهرست مطالب.
اگه به انتهای فایل اصلیتون برید، میبینین یه همچین دستورهایی هم زده شده:
\phantomsection
\addcontentsline{toc}{chapter}{مراجع}
اینا رو دیگه باید پاک کنین.
