سلام
اگه فقط همین چند تاست، به‌نظر من راحت‌ترین راه اینه که دستی اون فصل رو ایجاد کنین. دستورهای زیر رو بذارید قبل از \begin{document}:
\newlength{\mylength}
\settowidth{\mylength}{الف-~~}
\newcommand{\myabjad}[1]{\makebox[\mylength][r]{#1}}
فصل‌ها و سکشن‌ها رو این‌طوری بزنین:
\chapter*{مقدمه}
\phantomsection
\addcontentsline{toc}{chapter}{مقدمه}
\section*{\myabjad{الف-} سکشن1}
\phantomsection
\addcontentsline{toc}{section}{\myabjad{الف-} سکشن1}
\section*{\myabjad{ب-} سکشن2}
\phantomsection
\addcontentsline{toc}{section}{\myabjad{ب-} سکشن2}
\section*{\myabjad{ج-} سکشن3}
\phantomsection
\addcontentsline{toc}{section}{\myabjad{ج-} سکشن3}
\section*{\myabjad{د-} سکشن4}
\phantomsection
\addcontentsline{toc}{section}{\myabjad{د-} سکشن4}
ویرایش:
با توجه به نظرتون در قسمت کامنت‌ها، چیزی که به ذهنم رسید، روش زیر بود. سه تا انتخاب دارید: شماره‌گذاری حروف ابجدی، شماره‌گذاری عددی و یونانی (برای زبان فارسی، مرسوم نیست!). کافیه کدهای احاطه‌شده توسط دو خط از درصد‌ها رو بذارید قبل از \begin{document}. از دستورهای \mychapter و \mysection می‌تونین استفاده کنین. آپشنی که برای دستور سکشن در نظر گرفته شده، برای کنترل نوع شمارش است. بدون آپشن، شماره‌گذاری حروف ابجد میاره، با آپشن [1] شماره‌گذاری عددی و با آپشن [2] شماره‌گذاری یونانی!
\documentclass[a4paper,11pt]{report}
\usepackage{hyperref}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1.1]{XB Niloofar}
\linespread{1.50}
\setlatintextfont[Scale=1.1]{Times New Roman}
\setdigitfont[Scale=1.1]{Yas}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\makeatletter
\bidi@patchcmd{\@Abjad}{آ}{الف}{}{}
\makeatother
\newlength{\mylength}
\newcounter{mysec}
\newcommand{\mysection}[2][0]{%
\ifcase#1
\settowidth{\mylength}{الف-~~}
\def\myabjad##1{\makebox[\mylength][r]{##1}}
\renewcommand{\themysec}{\Abjad{mysec}}
\or
\settowidth{\mylength}{999-}
\def\myabjad##1{\makebox[\mylength][r]{##1}}
\renewcommand{\themysec}{\arabic{mysec}}
\or
\settowidth{\mylength}{vxi-}
\def\myabjad##1{\makebox[\mylength][r]{##1}}
\renewcommand{\themysec}{\lr{\roman{mysec}}}
\fi
\stepcounter{mysec}%
\section*{\myabjad{\themysec -} #2}%
\phantomsection
\addcontentsline{toc}{section}{\numberline{\themysec -}#2}%
}
\newcommand{\mychapter}[1]{%
\setcounter{mysec}{0}%
\chapter*{#1}%
\phantomsection
\addcontentsline{toc}{chapter}{#1}%
}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\begin{document}
\tableofcontents
\mychapter{مقدمه}
\mysection{سکشن1}
\mysection{سکشن2}
\mysection{سکشن3}
\mysection{سکشن4}
\mysection{سکشن5}
\mychapter{مقدمه}
\mysection[1]{سکشن1}
\mysection[1]{سکشن2}
\mysection[1]{سکشن3}
\mysection[1]{سکشن4}
\mysection[1]{سکشن5}
\mychapter{مقدمه}
\mysection[2]{سکشن1}
\mysection[2]{سکشن2}
\mysection[2]{سکشن3}
\mysection[2]{سکشن4}
\mysection[2]{سکشن5}
\chapter{روش پایه شعاعی}
\section{سکشن1}
\section{سکشن2}
\chapter{روش المان مرزی}
\section{سکشن1}
\section{سکشن2}
\end{document}
