با عرض سلام و روز بخیر
در texstudio وقتی فرمول های ریاضی را کمپایل میکنم، در فایل PDF نهایی پرانتز ارجاع فرمول های ریاضی برعکس و به هم ریخته چاپ میشود. 
همین مشکل را با پرانتز مربوط به مراجع مقاله هم داشتم که با کد \lr و تبدیل آن به کروشه انگلیسی حل کردم. 
در ادامه بخش اصلی کد و فرمول مربوط را اضافه کردم. تصویر نهایی که از PDF میگیرم هم پیوست شد.
    \usepackage{amssymb,amsmath}
    \usepackage[colorlinks,linkcolor=blue,citecolor=blue]{hyperref}
    \usepackage[usenames,dvipsnames]{pstricks}
    \usepackage{graphicx,subfigure,wrapfig}
    \usepackage{geometry,fancyhdr}
    \usepackage[mathscr]{euscript}
    \usepackage{multicol}
    \usepackage{algorithmicx,algorithm}
    \usepackage[noend]{algpseudocode}
    \usepackage[localise=on,extrafootnotefeatures]{xepersian}
    \input{styles/alg-fa}
    % -------------------- Page Layout --------------------
    
    
    \newgeometry{top=3.5cm,bottom=3.5cm,left=2.5cm,right=3cm,headheight=25pt}
    
    \renewcommand{\baselinestretch}{1.4}
    \linespread{1.6}
    \setlength{\parskip}{0.45em}
    
    \fancyhf{}
    \rhead{\leftmark}
    \lhead{\thepage}
    
    
    % -------------------- Fonts --------------------
    
    \settextfont[
    Scale=1.09,
    Extension=.ttf, 
    Path=styles/fonts/,
    BoldFont=XB NiloofarBd,
    ItalicFont=XB NiloofarIt,
    BoldItalicFont=XB NiloofarBdIt
    ]{XB Niloofar}
    
    \setdigitfont[
    Scale=1.09,
    Extension=.ttf, 
    Path=styles/fonts/,
    BoldFont=XB NiloofarBd,
    ItalicFont=XB NiloofarIt,
    BoldItalicFont=XB NiloofarBdIt
    ]{XB Niloofar}
    
    \defpersianfont\sayeh[
    Scale=1,
    Path=styles/fonts/
    ]{XB Kayhan Pook}
    
 
    % -------------------- Commands --------------------
    
    
    \newcommand{\IN}{\ensuremath{\mathbb{N}}} 
    \newcommand{\IZ}{\ensuremath{\mathbb{Z}}} 
    \newcommand{\IQ}{\ensuremath{\mathbb{Q}}} 
    \newcommand{\IR}{\ensuremath{\mathbb{R}}} 
    \newcommand{\IC}{\ensuremath{\mathbb{C}}} 
    
    \newcommand{\set}[1]{\left\{ #1 \right\}}
    \newcommand{\seq}[1]{\left< #1 \right>}
    \newcommand{\ceil}[1]{\left\lceil{#1}\right\rceil}
    \newcommand{\floor}[1]{\left\lfloor{#1}\right\rfloor}
    \newcommand{\card}[1]{\left|{#1}\right|}
    \newcommand{\setcomp}[1]{\overline{#1}}
    \newcommand{\provided}{\,:\,}
    \newcommand{\divs}{\mid}
    \newcommand{\ndivs}{\nmid}
    \newcommand{\iequiv}[1]{\,\overset{#1}{\equiv}\,}
    \newcommand{\imod}[1]{\allowbreak\mkern5mu(#1\,\,\text{پیمانهی})}
    
    \newcommand{\poly}{\mathop{\mathrm{poly}}}
    \newcommand{\polylog}{\mathop{\mathrm{polylog}}}
    \newcommand{\eps}{\varepsilon}
    
    \newcommand{\lee}{\leqslant}
    \newcommand{\gee}{\geqslant}
    \renewcommand{\leq}{\lee}
    \renewcommand{\le}{\lee}
    \renewcommand{\geq}{\gee}
    \renewcommand{\ge}{\gee}
    
    \newcommand{\مهم}[1]{\textbf{#1}}
    \renewcommand{\برچسب}{\label}
    
    \newcommand{\REM}[1]{}
    \renewcommand{\حذف}{\REM}
    \newcommand{\لر}{\lr}
    \newcommand{\کد}[1]{\lr{\tt #1}}
    \newcommand{\پاورقی}[1]{\footnote{\lr{#1}}}
----------------------------formula----------------------------------
\begin{equation}
	\begin{array}{l}
		ImCoh_{\left(C_{x y}(f)\right)}=\frac{\left(I_{m}\left\{P_{x y}(f)\right\}\right)^{2}}{P_{x y}(f) P_{y y}(f)} \\
	\end{array}
	\label{coh}
\end{equation}