توی فایل xepersian-thesis.cls شما چند خط کد به صورت
\pagenumbering{harfi}
\let\ol@chapter\@chapter
\def\@chapter{%
\ifnum\c@chapter=0 \pagenumbering{arabic}\setcounter{page}{1}\fi
\ol@chapter}
وجود داره که باعث می‌شه شماره صفحات در ابتدای فصل اول پیوست‌ها ۱ بشه. این چند خط رو حذف کنید. حالا باید شماره‌گذاری صفحات رو در صفحات قبل از شروع فصل اول و صفحات بعد از شروع فصل اول تغییر بدید. معمولاً رسم بر اینه که تمام صفحات قبل از صفحه اول فصل اول، به صورت الفبایی و بعد از اون به صورت عددی شماره‌گذاری می‌شه.
بقیه پاسخم رو از پاسخ آقای ترابی در پرسش «دو نوع شماره گذاری در پایان نامه، برای صفحات اولیه و بقیه» نقل می‌کنم:
دستوری وجود دارد به نام \pagenumbering که یک نوع شمارنده از شما می‌گیرد و شماره صفحه‌ها را با آن انجام می‌دهد. نحوه‌ی استفاده از آن به این صورت است:
\pagenumbering{alph}
در این حالت شماره‌ی صفحات به صورت الفبایی ابجد تنظیم می‌شود. هرگاه در یک جای متن دوباره این دستور تکرار شود، هم شمارنده‌ی صفحه از ۱ تنظیم می‌شود هم اینکه نحوه‌ی شماره‌گذاری عوض می‌شود. مثلا اگر بنویسید
\pagenumbering{arabic}
شماره‌گذاری صفحه‌ها از ۱ شروع شده و به صورت عددی خواهد بود. بنابراین به طور کلی باید چنین کاری انجام دهید
\pagebumbering{alph}
% first pages goes here
\pagenumbering{arabic}
% start chapters
شما می‌توانید انواع شمارنده‌های مختلف را چک کنید که عبارتند از alph، Alph، arabic، tartibi، harfi
برای داشتن اطلاعات بیشتر لطفا بخش مربوط به Additional Counters از راهنمای زی‌پرشین را ملاحظه کنید.
