جایی در فایل cls مورد استفاده این خط را دیدم:
\newtheorem{definition}{تعریف}[section]
که قضیهها و... هم از definition استفاده میکردند. آن را به
\newtheorem{definition}{تعریف}[section]
\renewcommand{\thedefinition}{\thesection$\text{.}$\arabic{definition}}
تغییر دادم درست شد.
اضافه کردن این کد به ابتدای فایل هم که در یکی از پاسخهای همین سایت آمده است هم راهگاست:
\newcount\mydigits
\XeTeXinterchartokenstate=1
\newXeTeXintercharclass\mydigitscharclass
\newXeTeXintercharclass\mydotcharclass
\XeTeXcharclass `\. \mydotcharclass
\mydigits=`\0 \loop \XeTeXcharclass \mydigits \mydigitscharclass \ifnum\mydigits<`\9 \advance\mydigits by 1 \repeat
\XeTeXinterchartoks \mydigitscharclass \mydotcharclass = {}
\XeTeXinterchartoks \mydotcharclass \mydigitscharclass = {}
