طبق توضیحات استاد عزیز دکتر وفا کارنپهلو که به سوالی مشابه که من پرسیدم داده اند بهتر است از دستور زیر استفاده شود
\documentclass{article}
\usepackage[extrafootnotefeatures]{xepersian}
\settextfont{Yas}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\twocolumnfootnotes
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\makeatletter
\footmarkstyle{\textsuperscript{\if@RTL\else\latinfont\fi#1}}
\makeatother
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\begin{document}
\LTRfootnote{text} \LTRfootnote{text} \LTRfootnote{text} \LTRfootnote{text}
\footnote{مقداری متن} \footnote{مقداری متن}
\footnote{مقداری متن که میتواند خیلی طولانی هم باشد}
و دوباره متن%
\LTRfootnote{text}
\end{document}
لینک پاسخ ایشان به من هم اینجاست
