برای من هم چنین مشکلی وجود دارد. فایل زیر را اگر در نظر بگیریم.
\documentclass[11pt,a4paper]{report}
\usepackage{zref-perpage}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1.1]{Yas}
\setlatintextfont[Scale=1]{Times New Roman}
\zmakeperpage{footnote}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\makeatletter
\renewcommand{\@makefntext}[1]{\parindent 1em
\noindent\hbox to 2em{}% if you want to indent footnote text you can change the width of the hbox (e.g. \hbox to 2em{})
\llap{\if@RTL\else\latinfont\fi\@thefnmark)\,\,}#1}
\def\LTRfootnote{\@ifnextchar[\@xLTRfootnote{\stepcounter\@mpfn
\protected@xdef\@thefnmark{\if@Latin\latinfont\fi\thempfn}%
\@footnotemark\@LTRfootnotetext}}
\makeatother
\begin{document}
\chapter{}
\section{}
%\setcounter{footnote}{0}
\LTRfootnote{Action Space}
\newpage
\LTRfootnote{Admissible Test}
\LTRfootnote{An example}
\end{document}
جالب این است که اگر دستورات \chapter و \section را کامنت نماییم مشکل رفع می شود. همچنین بدون zref-perpage مشکلی وجود ندارد.
به هر حال من مشکل را با \setcounter{footnote}{0} که در کد بالا هست رفع کردم ولی هنوز دلیل مشکل را نمی دانم.
