اگر اولین پانویس لاتین بود در سمت چپ قرار بگیرد و اگر فارسی بود در سمت راست.
این گفته شما زمانی درست است و زمانی باید این اتفاق بیفتد که اگر اولین زیرنویس لاتین بود در سمت چپ قرار بگیرد و اگر زیرنویس پارسی بود، در سمت راست قرار بگیرد اما وقتی شما از دستور \twocolumnfootnotes استفاده می‌کنید این اتفاق نمی‌افتد بله صفحه به دو ستون تقسیم می‌شود و زیرنویس اول (لاتین یا پارسی) هر چه که باشد در ستون نسخت قرار می‌گیرد بنابراین خواسته شما منطقی نیست و به همین علت است که این امکان غیرفعال شده است زیرا که دلیلی برای وجود آن وجود ندارد.
تنها حالتی که دارید این است که اگر نخستین ستون قرارگیری زیرنویس‌ها، ستون چپ است خط زیرنویس در سمت چپ و در غیر اینصورت خط زیرنویس در سمت راست قرار داده شود که باز هم من آن را نمی‌پسندم ولی کد زیر این کار را می‌کند:
\documentclass{article}
\usepackage{biditools}
\makeatletter
\bidi@BeforeFile{extrafootnotefeatures-xetex-bidi.def}{%
\let\save@leftfootnoterule\leftfootnoterule%
\let\save@rightfootnoterule\rightfootnoterule%
\let\save@footnoterule\footnoterule}
\bidi@AfterFile{extrafootnotefeatures-xetex-bidi.def}{%
\let\leftfootnoterule\save@leftfootnoterule%
\let\rightfootnoterule\save@rightfootnoterule%
\let\footnoterule\save@footnoterule}
\makeatother
\usepackage[extrafootnotefeatures]{xepersian}
\settextfont{Yas}
\makeatletter
\footmarkstyle{\textsuperscript{\if@RTL\else\latinfont\fi#1}}
\bidi@appto{\RTLcolumnfootnotes}{\rightfootnoterule}
\bidi@appto{\LTRcolumnfootnotes}{\leftfootnoterule}
\makeatother
\twocolumnfootnotes
\begin{document}
\LTRfootnote{text} \LTRfootnote{text} \LTRfootnote{text} \LTRfootnote{text}
\footnote{مقداری متن} \footnote{مقداری متن}
\footnote{مقداری متن که می‌تواند خیلی طولانی هم باشد}
و دوباره متن%
\LTRfootnote{text}
\end{document}
در این حالت هم اگر ترتیب قرارگیری زیرنویس‌ها چپ به راست باشد (نخستین ستون در سمت چپ باشد) و اولین زیرنویس پارسی باشد، خواهید دید که خط زیرنویس حالت جالی ندارد و بنابراین رفتار پیش‌فرض زی‌پریشن یعنی دادن خط زیرنویس کامل و غیرفعال کردن بقیه حالات بهترین روش ممکن است که زیبایی دارد.
ویرایش: در حالت زیر اگر اولین زیرنویس پارسی باشد، ستونها از راست به چپ قرار می‌گیرند (ستون نخست سمت راست و ستون دوم سمت چپ) و اگر اولین زیرنویس لاتین باشد، ستونها از چپ به راست قرار می‌گیرند (ستون نخست سمت چپ و ستون دوم سمت راست) و در هر دو این حالت‌ها خط زیرنویس بصورت خودکار در جای مناسب قرار می‌گیرد:
\documentclass{article}
\usepackage{biditools}
\makeatletter
\bidi@BeforeFile{extrafootnotefeatures-xetex-bidi.def}{%
\let\save@autofootnoterule\autofootnoterule%
\let\save@footnoterule\footnoterule}
\bidi@AfterFile{extrafootnotefeatures-xetex-bidi.def}{%
\let\autofootnoterule\save@autofootnoterule%
\let\footnoterule\save@footnoterule}
\makeatother
\usepackage[extrafootnotefeatures]{xepersian}
\settextfont{Yas}
\makeatletter
\footmarkstyle{\textsuperscript{\if@RTL\else\latinfont\fi#1}}
\footdir@temp\footdir@ORG@bidi@twocolfootnotetext\@twocolfootnotetext{\bidi@footdir@footnote}%
\footdir@temp\footdir@ORG@bidi@twocolRTLfootnotetext\@twocolRTLfootnotetext{R}%
\footdir@temp\footdir@ORG@bidi@twocolLTRfootnotetext\@twocolLTRfootnotetext{L}%
\bidi@preto{\left@footnoterule}{\LTRcolumnfootnotes}
\bidi@preto{\right@footnoterule}{\RTLcolumnfootnotes}
\makeatother
\twocolumnfootnotes
\begin{document}
\LTRfootnote{text} \LTRfootnote{text} \LTRfootnote{text} \LTRfootnote{text}
\footnote{مقداری متن} \footnote{مقداری متن}
\footnote{مقداری متن که می‌تواند خیلی طولانی هم باشد}
و دوباره متن%
\LTRfootnote{text}
\newpage
\footnote{من وفا هستم}
\LTRfootnote{text} \LTRfootnote{text} \LTRfootnote{text} \LTRfootnote{text}
\footnote{مقداری متن} \footnote{مقداری متن}
\footnote{مقداری متن که می‌تواند خیلی طولانی هم باشد}
و دوباره متن%
\LTRfootnote{text}
\end{document}
