شما تو محیط equation نمی‌توند خط بشکنید. باید از محیط align استفاده کنید. البته این محیط نیاز داره که بسته‌ی amsmath فراخوانی بشه (که احتمال می‌دم فراخوانی کرده باشید). نحوه‌ی کار هم به این صورت هست:
\begin{align}
x&= \alpha \nonumber \\
y&=\beta
\label{eq1}
\end{align}
البته دقت کنید که علامت‌های & برای اینه که مساوی‌ها زیر هم تراز بشوند. برای اطلاعات بیشتر برچسب align رو در تالار جستجو کنید.
ویرایش:
برای اینکه هرکدام از خط‌های این فرمون که دلمان بخواهد، شماره نخوره، کافیه که از دستور nonumber استفاده کنیم. بدهی است خطهایی که شماره دار هستند را می‌توان به آن یک برچسب اختصاص بدید.
