جناب آقای مس فروش
با سلام و احترام
بنده به کد جنابعالی بسته hyperref را اضافه کردم و خروجی به شکل زیر است.
\documentclass[12pt]{book}
\usepackage{amsmath,amsthm,amssymb}
\usepackage{hyperref}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\setdigitfont{Yas}
\begin{document}
\chapter{یک}\label{I}
تست
\section{تست}\label{II}
آزمایش
\subsection{دو}\label{III}
تست
\ref{II}
\end{document}