سلام
۱- در ابتدای فایل تکی که قرار دادید، دو تا \\ وجود داره. اون دوتا \\ حذف کنید.
۲- شما بهجای این که از فایل اصلی پایاننامه (چیزی شبیه به main.tex) اجرا بگیرید، دارید از یکی از فصلها اجرا میگیرید. 
۳- قبل از اجرای فایل اصلی پایاننامه، اطمینان حاصل کنید که قلمهای تعریف شده رو روی سیستمتون نصب شده دارید. 
یادآوری: برای مشاهدهی قلمهای تعریف شده در بین فایلهای نمونهی پایاننامهای که دارید، به دنبال فایلی با پسوند .cls بگردید و اون رو با یک ویرایشگر باز کنید و دنبال سطری که قلم رو تعریف کرده بگردید.
پیروز باشید