مشکلی وجود نداره که بخواد عجیب باشه. شما خودتون بهش دستور دادین که این رفتار رو داشته باشه. این کد رو ببینین:
\documentclass[12pt]{book}
\usepackage{fancyhdr}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\title{تست}
\begin{document}
\thispagestyle{empty}
صفحه بسم ا... که شماره صفحه نمیخوره
\newpage
\pagenumbering{harfi}
صفحه تشکر و ... که شماره گذاری حروف داره
\newpage
ادامه صفحه تشکر و ... که شماره گذاری حروف داره
\newpage
\addtocontents{toc}{\protect\thispagestyle{empty}}
\tableofcontents
\newpage
\pagestyle{fancy}
\fancyhead{}
\fancyfoot{}
\fancyfoot[C]{\thepage}
\fancyhead[OR]{\rightmark}
\fancyhead[ER]{\leftmark}
\pagenumbering{arabic}
\chapter{مقدمه}
\section{کارهای گذشتگان}
یسسییس
\newpage
یسسییسیس
\newpage
یسیسییسیسیس
\newpage
\chapter{فصل اول}
یسیسیس
\end{document}
دقت کنین که از دستور
\addtocontents{toc}{\protect\thispagestyle{empty}}
برای حذف کردن شماره صفحه در صفحه اول فهرست مطالب استفاده کردم. همچنین دستور \thispagestyle{empty} با \pagestyle{empty} فرق داره.
