دستور \latinfont یک دستور سطح پائین هست که نباید ازش استفاده کنید. به جاش از دستور \resetlatinfont استفاده کنید.
ویرایش ۱
من با فایل کمینه شما و تک‌لایو ۲۰۱۷ این نتیجه را می‌گیرم:
همانطور که دیده میشود تنها مشکل جدابودن کلمه مراجع است که برای درست کردن آن می‌توان تعریف
\renewcommand{\bibname}{مراجع}
را به
\renewcommand*{\bibname}{\rl{مراجع}}
تغییر داد هرچند چندان جالب نیست.
امروز نسخه‌ای از بسته bidi را به CTAN می‌دهم که کد
\makeatletter
\bidi@AtBeginEnvironment{thebibliography}{\latinfont}
\makeatother
و کد
\renewcommand*{\bibname}{\rl{مراجع}}
لازم نباشند. توضیحات بیشتر در قسمت ویرایش ۲ پس از انجام این کار قرار می‌گیرد.
ویرایش ۲
این مشکل در نسخه 30.7 بسته bidi و نسخه 18.7 بسته xepersian حل شده و دیگر احتیاجی به کد
\makeatletter
\bidi@AtBeginEnvironment{thebibliography}{\latinfont}
\makeatother
و کد
\renewcommand*{\bibname}{\rl{مراجع}}
نیست.
