شما باید دستور \notag رو قبل از \\ قرار بدید بنابراین کد اصلاح شده به صورت زیر خواهد بود:
\documentclass{article}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{caption,tikz}
\usepackage{algorithm}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\setdigitfont{Yas}
\begin{document}
\begin{align}
\Delta _{4}(t) & = F_{H_{2}}(t) \int _{0} ^{t} \int _{0} ^{v} F_{Y_{2}}(t - \delta (u)) F_{Y_{1}}(t-\delta (v)) \eta (u,v) du dv \notag \\
& \quad + F_{H_{2}}(t) \int _{0} ^{t} \int _{v} ^{t} F_{Y_{2}}(t - \delta (u)) F_{Y_{1}}(t-\delta (v)) \eta (u,v) du dv \notag \\
& = F_{H_{2}}(t) \int _{0} ^{t} \int _{0} ^{v} F_{Y_{2}}(t - \delta (u)) F_{Y_{1}}(t-\delta (v)) \eta (u,v) du dv \notag \\
& \quad + F_{H_{2}}(t) \int _{0} ^{t} \int _{0} ^{u} F_{Y_{2}}(t - \delta (u)) F_{Y_{1}}(t-\delta (v)) \eta (u,v) du dv \notag \\
& = F_{H_{2}}(t) \int _{0} ^{t} \int _{0} ^{v} F_{Y_{2}}(t - \delta (u)) F_{Y_{1}}(t-\delta (v)) \eta (u,v) du dv \notag \\
& \quad + F_{H_{2}}(t) \int _{0} ^{t} \int _{0} ^{v} F_{Y_{2}}(t - \delta (v)) F_{Y_{1}}(t-\delta (u)) \eta (v,u) du dv \notag \\
& = F_{H_{2}}(t) \int _{0} ^{t} \int _{0} ^ {v} \xi _{1} (u,v) \eta (u,v) du dv \label{eq6.18}
\end{align}
\end{document}
یادآوری: بستههای فراخوانی شده در سطرهای سوم و چهارم در اینجا کاربردی ندارند بنابراین بهتر بود در فایل پرسشتون قرار نمیدادید.
