مشکل از قلم است. دستور \em
از حالت \itshape
یا همون ایتالیک قلم استفاده میکنه در حالی که قلم متن شما دارای حالت ایتالیک هست اما خوابیده به راست هست نه به چپ.
راهحل دیگر به جز تغییر قلم یا درست کردن قلم اینه که توی سبک bibtex
ی که ازش استفاده میکنید
\if@nonlatin\iranicfamily\else\em\fi
رو جایگزین دستور \em
کنید.
راهحل دیگر این است که تعریف دستور \em
را تغییر بدهید.
\makeatletter
\DeclareRobustCommand\em
{\@nomath\em \ifdim \fontdimen\@ne\font >\z@
\eminnershape \else \if@nonlatin\iranicfamily\else\itshape\fi \fi}
\makeatother