بدین منظور کافیه که در گزینههای بستهی hyperref از دستور bookmarksdepth=3 استفاده کنید. بنابراین فایل نمونهی شما به صورت زیر خواهد بود:
\documentclass[a4paper,10pt,oneside]{book}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{titlesec}
\usepackage{indentfirst}
\usepackage[hidelinks=true,bookmarksdepth=3]{hyperref}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\setcounter{secnumdepth}{4}
\begin{document}
\section{1}
aaa
\subsection{2}
bbb
\subsubsection{3}
ccc
\end{document}
یادآوری: شما در فایل کمینتون فونت متن رو تعریف نکرده بودید که به معنای ناقص بودن فایل کمینه است.
