با این تغییراتی که شما در سندتون انجام دادید این خروجی آشفته کاملاً طبیعیه.
۱- دستورات زیر که به اشتباه در سندتون باز-تعریف شدهاند رو حذف کنید:
\def\thechapter{\arabic{chapter}}
\def\thesection{\arabic{section}-\arabic{chapter}}
\def\thesubsection{\arabic{subsection}-\arabic{section}-\arabic{chapter}}
\def\thesubsubsection{\arabic{subsubsection}-\arabic{subsection}-\arabic{section}-\arabic{chapter}}
\def\thefigure{\rl{\arabic{figure}-\thechapter}}
\def\thetable{\rl{\arabic{table}-\thechapter}}
\def\theequation{\rl{\arabic{equation}-\thechapter}}
۲- برای ایجاد خط تیره دستور \SepMark{-}
رو بستهی بستهی زیپرشین قرار بدید.
۳- بستهی fancyhdr
رو از جای فعلی بردارید و به قبل از بستهی زیپرشین منتقل کنید:
\usepackage{fancyhdr}
\usepackage{xepersian}
\SepMark{-}
توجه داشته باشید که هر تعریفی که در سندتون مینویسید باید بدونید که چیه و چه کار میکنه، همینطور در مورد بستههایی که فراخوانی میکنید.
تغییراتی که عرض شد رو انجام بدید و در صورت بروز مشکل به صورت پرسش جدید مطرح کنید.